1、意思上的区别：
中国共产党全国代表大会和它所产生的中央委员会为中国共产党最高领导机关。每五年举行一次，由中央委员会召集。三中全会是指中国共产党某届全国代表大会选出的中央委员会召开的第三次全体会议。
2、含义上的区别：
三中全会揭开了我国改革开放的序幕，实现了新中国成立以来党的历史上具有深远意义的伟大转折点，使我国进入了以改革开放和社会主义现代化建设为主要任务的历史新时期。
中国共产党全国代表大会听取和审查中央委员会的报告、中央纪律检查委员会的报告、讨论并决定党的重大问题和修改党的章程等。
3、任务上的区别：
三中全会事实上，近30多年来，每次全会关注的内容有规律可循。中央党校教授张希贤告诉北青报记者，一般每届一中全会产生党内的领导，二中全会推选国家机构领导人和全国政协领导人的建议名单，三中全会研究经济改革，四中全会聚焦党建。
中国共产党全国代表大会选举中央委员会、中央纪律检查委员会。
两会历史
1949年9月21日至30日，中国人民政治协商会议举行了第一届全体会议。参加会议的代表共662人，包括中国共产党、各民主党派、各人民团体、各地区、人民解放军、少数民族、国外华侨、宗教界人士等46个单位的代表以及特别邀请的人士，具有广泛的代表性。
人民政协第一届全体会议代行全国人民代表大会的职权，代表全国人民的意志，宣告了中华人民共和国的成立；通过了具有临时宪法性质的《中国人民政治协商会议共同纲领》及《中国人民政治协商会议组织法》、《中华人民共和国中央人民政府组织法》；
决定中华人民共和国定都于北京，国旗为五星红旗，以《义勇军进行曲》为国歌，采用公元作为中国纪年；选举了中央人民政府主席、副主席、委员，并选举产生了中国人民政治协商会议第一届全国委员会。
1954年9月第一届全国人民代表大会举行第一次会议，通过了《中华人民共和国宪法》。同年12月召开了政协第二届全国委员会第一次会议，制定了《中国人民政治协商会议章程》。章程宣告：《共同纲领》已经为宪法所代替；人民政协全体会议代行全国人民代表大会的职权已经结束。但是人民政协作为统一战线的组织，将继续存在和发挥作用。
此后，从1959年开始，全国人民代表大会和中国人民政治协商会议全国委员会开始同步举行，后者的委员还会列席前者的会议，从此，“两会”概念应运而生，而全国政协比全国人大提前1至2天开幕。“文革”中，全国政协停止，全国人大则在1975年恢复一届（四届），因此，自1978年起，全国人大与全国政协再次完全同步。
全国两会在3月召开的惯例，则始于1985年。此前，会议时间从年初，到年中，到年末，历年均有不同。以五届全国人大、政协会议为例，一次会议是在2月，二次会议在6月，三次会议在8月，四次和五次会议则安排在11月。
1989年七届全国人大二次会议通过全国人大议事规则，确定了全国人代会在每年一季度举行。而召开的日期固定在3月5日，并不是法律的明确规定，而是自1998年九届全国人大一次会议以来形成的惯例。1999年起，全国政协会议均在3月3日开幕。