法律分析：违法，迟到扣款是不合理的。相关法律规定没有授权雇主惩罚工人迟到。因此无论劳动者有什么违规行为，用人单位都无权作出罚款决定，更无权扣减工资。另外如果劳动者经常迟到，可视为严重违反劳动合同，用人单位可以解除劳动合同。我国的《企业职工奖惩条例》早已废除了企业拥有的罚款权。用人单位不能再按规定在规章制度中设置罚款条款。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第三条 劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利、接受职业技能培训的权利、享受社会保险和福利的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。劳动者应当完成劳动任务，提高职业技能，执行劳动安全卫生规程，遵守劳动纪律和职业道德。
第四条 用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
第二十六条 有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同，但是应当提前三十日以书面形式通知劳动者本人：（一）劳动者患病或者非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的；（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法履行，经当事人协商不能就变更劳动合同达成协议的。