甘肃农业职业技术学院的育种研究所起源于上世纪60年代的兰州农业学校的育种教研组和作物育种研究室，该机构汇集了多位科研人员，其中包括农业技术推广研究员、教授、副教授及高级农艺师等，共7名。自成立以来，研究所取得了显著的成果，育成小麦品种33个和亚麻品种4个，推广面积超过580万公顷，为社会带来了约20亿元的经济效益。
在科研工作中，研究所承担了多项国家级和省部级的重大科研项目，如《抗条锈丰产优质冬小麦新品种选育》、《防治冬小麦条锈病3113工程》等，其中兰天系列小麦品种针对甘肃不同区域的生态条件进行了针对性培育。研究所尤其在抗条锈病研究上取得了突破，如育成的兰天12号和兰天1号具有高度慢锈和高温抗性，为我国小麦生产做出了贡献。
自1993年起，研究所与国外知名机构如加拿大圭尔夫大学、意大利ENEA等建立合作关系，引进优良品种和先进的科研技术，筛选出的帕斯卡、尤里卡等品种表现优异。在国际合作的推动下，育种研究所的科研成果丰富，如兰引1号、兰引2号和中墨1号等品种已通过审定并得到广泛应用。
研究所的科研人员多次获奖，如周祥椿研究员曾荣获全国农业科技先进工作者等荣誉，杨俊海所长入选“333科技人才工程”并被评为享受国务院特殊津贴专家。研究所的育种工作涵盖了春小麦、硬粒小麦、小黑麦等多个领域，成果显著，如《系列小麦抗锈病品种推广》等项目曾获农业部奖项。
甘肃农业职业技术学院是甘肃省惟一一所省属公办的农 业职业技术学院，也是国家特有行业职业技能鉴定单位、省人事厅确定的专业技术人员继续教育基地和全国职业教育种植类专业示范学校。