先要知道引起这种虫子的原因是水体过肥，只有少量的话可以不管它，但多了就要清除了。一般勤换水、洗棉即可，这个方法只能是一定程度减少，过不久又会暴发。
所以如果想彻底清除一次，需下驱虫药，比如除外寄的药，此后勤换水、洗棉/换棉。
不过草缸下药除蛋白虫要小心，一旦下药，缸里的硝化细菌全死，含有驱虫杀菌药的水流经滤材后，滤材以后都不容易培养硝化细菌。所以如果是滤桶，需先把桶拆下来几天，正好趁这个时间洗棉，开水烫烫，再晒一晒。
还有种说法曼龙等鱼会吃蛋白虫，不过个人没有试过。
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