昆仑神宫延续了上一部《云南虫谷》的剧情，讲述了香港古董商明叔雇请胡八一（潘粤明饰）、Shirley杨（张雨绮饰）、王凯旋（姜超饰）三位摸金校尉前往昆仑雪域展开新一轮探险。
云南献王墓的探险结束，铁三角虽然拿到了雮尘珠，以为就能解开身上红斑诅咒。可有了雮尘珠，却不知道如何使用。随着几个人病情加重，他们破解雮尘珠秘密的任务更加紧迫。
与此同时，香港古董商明叔为了寻找“格萨尔王”中传说的魔国冰川水晶尸，便雇请胡八一（潘粤明饰）、王凯旋（姜超饰）、Shirley杨（张雨绮饰）等三位摸金校尉入藏寻找。
胡八一想到自己此前在昆仑山当兵时候的一段奇特经历，恍惚觉得雮尘珠和昆仑魔国鬼母有着某种联系，决定去昆仑山的魔国鬼母墓一探究竟。
《昆仑神宫》大结局来了，观众们的心却凉了。《昆仑神宫》并没有延续最初的势头，再次被曝烂尾。在最后的大结局中，摸金三人组终于完成祭祀，消除了身上的红斑，高伟光饰演的鹧鸪哨也来了一个惊鸿一瞥，对杨参谋能完成家族使命给予表扬与肯定。
老胡也终于决定跟杨参谋回美国生活，顺便也带走了王胖子和大金牙。只是最后活下来的阿香和明叔并没有一个明确的交代。这两个人是回乡了，还是在国内定居了都没交代，让关心这两位结局的观众们有点遗憾。
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