华南农业大学的兽医学水平明显远远高于福建农林大学。
兽医学这个学科全国各高校排名的问题，你可以参考“教育部学位与研究生教育发展中心”发布的《2012年 学科评估结果》。教育部学位与研究生教育发展中心组织开展的学科评估，是按照《学位授予和人才培养学科目录》的学科划分，对具有研究生培养和学位授予资格的一级学科进行的整体水平评估。
《2012年 学科评估结果》中的0906兽医学的全国高校排名如下：
本一级学科中，全国具有“博士一级”授权的高校共17所，本次有14所参评；还有部分具有“博士二级”授权和硕士授权的高校参加了评估；参评高校共计23所。 注：以下相同得分按学校代码顺序排列。
学校代码及名称 学科整体水平得分
10019 中国农业大学 88
10504 华中农业大学 86
10307 南京农业大学 82
10183 吉林大学 81
11117 扬州大学81
10224 东北农业大学 79
10564 华南农业大学79
10712 西北农林科技大学 77
10626 四川农业大学 75
10434 山东农业大学 72
10733 甘肃农业大学72
10113 山西农业大学 71
10466 河南农业大学71
10129 内蒙古农业大学 69
10086 河北农业大学 67
10635 西南大学67
10020 北京农学院 65
10061 天津农学院65
10157 沈阳农业大学65
10467 河南科技学院65
10742 西北民族大学65
10758 新疆农业大学65
10694 西藏大学 63
资料来源：教育部学位与研究生教育发展中心《2012年 学科评估结果》
中国学位与研究生教育信息网
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考