东晋南朝时期，道教在组织形式上发生了重大变化，其主要表现是祭酒制的衰落和道官制度的兴起。祭酒制度为早期五斗米道之旧制，其基本特征是“立治置职”，道官祭酒“领户化民”，实行政教合一之统治。为实现道官祭酒与道民的统属关系，天师道制定了三会日、宅录和缴纳命信等制度。规定在三会之日，道民必须到本师治所参加宗教活动，登记检查“宅录命籍”（近似封建国家编户齐民的户籍簿），听道官宣布科禁，考校功过。道官凭此向天曹启告，请天神守宅之官保护道民家口安全，禳灾却祸。自魏初天师道北迁至晋宋之际，出现了组织混乱，科律废弛的严重局面。当时许多道民在三会之日不赴师治参加集会，不报户籍，不交租米命信。一些道官更“妄相置署，不择其人，佩箓惟多，受治惟多，受治惟大，争先竞胜，更相高下”，“纵横颠倒，乱杂互起，以积衅之身，佩虚伪之治箓。身无戒律，不顺教令，越科破禁，轻道贱法。恣贪欲之性，而耽酒食，背盟威清约之正教，向邪僻袄巫之倒法”。祭酒制度的腐朽败落
首先，陆修静禁止道官自行署职，实行按级晋升的制度。他认为，普通民众须有功德，才能受箓为道民；道民受箓之后，有功者才能升迁。从受十将军箓依次升至受五十将军箓，再从箓吏依次晋升散气道士、别治道官、下治道官、配治道官，以及下、中、上八治道官。其最高者，即“能明炼道气，救济一切，消灭鬼气，使万姓归伏”的道师，才能拜署上八治中的阳平、鹿堂、鹤鸣三治道职。强调“采求道官，勿以人负官，勿以官负人”的组织措施。为健全三会日制度，他重申，三会日“民各投集本治师，当改治录籍，落死上生，隐实口数，正定名簿。三宣五令，令民知法。其日，天官地神咸会师治，对校文书。师民皆当清静肃然，不得饮酒食肉，哗言笑。会竟，民还家，当以闻科禁威仪教敕大小，务共奉行”。日，作为登记、审核宅录的最后期限，其日，每个道民都须赍?信至本师治所，由本师给以注籍，以便道官“领户化民”。
第二，陆修静十分重视道教斋仪的作用，认为“斋直是求道之本”，主张“身为杀盗淫动，故役之以礼拜；口有恶言，绮妄两舌，故课之以诵经；心有贪欲嗔恚之念，故使之以思神。用此三法，洗心净行，心行精至，斋之义也。”他在总结前代斋仪的基础上，制定了“九斋十二法”的斋醮体系。并撰述一系列斋戒仪范之书。从而使道教斋法不仅有了系统的仪式戒科，而且使斋戒仪范的理论更加完备。
第三，陆修静不仅整顿组织、完善斋醮仪式而且还对道教经典进行整理和分类。他早年便注意采访搜集道教经典，曾“南诣衡湘、九嶷，访南真（魏夫人）之遗迹；西至峨眉、西城，寻清虚（王褒）之高躅”。元嘉十四年（437），即着手刊正《灵宝经》，编撰《灵宝经目》。泰始三年（467）从庐山入京，居崇虚馆，又得当时朝廷收藏的杨羲、许谧手书上清经真诀。相传由鲍靓所造之《大有三皇经》亦为其所得。于是他“总括三洞”，校理卷数目录，于泰始七年奉敕撰《三洞经书目录》献上。据云，陆修静共著录道家经书并药方、符图一千二百二十八卷，内一千九十卷已行于世，一百三十八卷“犹在天宫”。针对当时《灵宝经》错乱糅杂，使后来学者难辨真伪，“视听者疑惑，修味者闷烦”的情况，于是对之整理考证，编成了《灵宝经目》一书，从而大大地推动了灵宝派的发展。陆修静在整理道教经典的同时，又创造了三洞四辅十二类的道教典籍分类体系，为隋唐以后历代整理道书，编修“道藏”所沿用。
