根据上述职责，自治区交通运输厅设11个内设机构。
（一）办公室。
负责文电、会议组织、机要、档案、综合性报告、文件起草和政务信息、保密、信访、政务公开、机关财务、资产管理、综合协调等机关政务、事务工作；负责上级重要决策、批示的督促检查工作；承担交通宣传和新闻发布工作。
（二）人事处。
负责机关和直属单位的人事、劳动工资和机构编制管理工作；按规定管理直属单位领导干部；指导公路、水路行业有关体制改革、人才队伍建设；负责组织实施交通运输行业资格制度的相关工作。
（三）政策法规处（行政审批办公室）。
组织起草交通运输地方性法规、规章草案，承担有关立法的规划和协调工作；承担机关有关规范性文件的合法性审核和重要决策法律咨询工作；承办相关行政复议、行政应诉等法律事务；组织开展政策研究；指导、监督公路、水路运输行业有关行政执法工作。负责法制宣传教育；依法负责公路、水路运输行业行政执法人员交通行政执法证件的核发和地方行政执法证件的申领工作。牵头负责行政审批工作。
（四）综合规划处（交通战备办公室）。
组织编制综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织拟订公路、水路等行业发展战略和规划，参与拟订物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；承担有关规划和建设项目的前期工作、行业审核和后评价工作；提出国家和自治区政府财政性专项资金投资政策和资金安排建议，并监督实施；负责组织编制港口规划，依法承担港口岸线使用审查、审批和上报工作。拟订行业利用外资政策和管理办法；负责行业利用国际金融组织贷款、外国政府贷款项目管理协调工作；拟订全区公路、水路交通战备规划和重点目标保障方案，提出建设项目战备要求和战备物资储备需求，并组织监督相关工作的落实；承担国防动员有关工作；承担有关环境保护、招商引资、对外合作与交流、行业统计、预测、信息引导工作。
（五）财务处。
承担公路、水路行业有关投融资政策拟订工作；承担公路、水路行业财务、会计、厅管专项资金、非税收入、收费管理制度拟订工作并监督实施；提出有关财税、价格等政策建议；承担部门预算的组织编报、执行和管理工作；承担收费公路的行业管理工作；承担机关、直属单位国有资产的监督管理工作；参与拟订行业有关运价及收费标准并实施监督检查；承担公路、水路基础设施建设资金筹集管理工作；根据授权，对国家出资企业和国有权益履行出资人监管职责。
（六）综合运输管理处（城市公共交通指导办公室）。
承担综合运输体系建设与发展的协调工作；参与拟订公路运输、城市公共交通管理、国际道路运输等相关政策、制度和标准并监督实施；承担公路运输行业监管，承担车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；承担公共汽车、城市轨道交通运营、出租汽车、汽车租赁等的指导工作；指导、协调国际道路运输管理工作。组织协调重点物资、紧急客货道路运输工作；按规定承担物流市场有关管理工作。
（七）建设管理处。
承担全区公路基础设施建设相关政策、地方标准、规范和管理规定拟订工作并监督实施；承担公路工程建设市场监督管理工作；建立健全公路建设资格准入机制及市场信用管理体系建设；承担公路建设工程造价管理工作；承担公路建设工程招标投标活动监督管理责任，动态管理公路评标专家库；承担公路建设项目从初步设计到竣工验收的监督管理工作；依法审批、审查公路建设项目设计文件、开工许可；承担公路建设工程质量监督管理工作；组织审查公路工程重大技术方案、工程竣工验收工作；指导公路养护工作。
（八）水运管理处（黄金水道建设办公室）。
承担水路建设和运输市场监督管理工作；拟订全区水运基础设施建设和运输行业相关政策、地方标准、规范和管理规定并监督实施；建立健全水运建设资格准入机制及市场信用管理体系建设；承担水运建设工程造价管理工作；承担水运建设工程招标投标活动监督管理责任，动态管理水运工程评标专家库；承担水运建设项目从初步设计到竣工验收的监督管理工作；依法审批、审查水运建设项目设计文件、开工许可；承担水运项目工程质量监督管理工作；依法组织审查水运工程重大设计方案、工程竣工验收；指导水路运输、港口、航道维护、船舶检验和港口设施保安管理工作；依法负责国际海运及港澳航线管理工作；组织协调重点物资、紧急客货的水路运输工作；参与综合运输发展规划及水运发展规划编制工作；参与黄金水道建设项目前期工作，承担黄金水道建设管理、协调推进、督促检查等工作。
（九）安全监督处（应急管理办公室）。
拟订并监督实施公路、水路安全生产政策、法规和应急预案；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担公路、水路基础设施建设和有关交通运输行业安全生产监督管理工作；依法组织协调或参与有关应急处置及事故调查处理工作；承担有关安全生产、应急信息统计、分析等工作；指导公路、水运工程抢险救灾工作；指导全区交通运输防汛、防疫、防震、消防等工作。
（十）科教处。
组织拟订公路、水路等行业科技、信息化政策并监督实施；组织协调交通运输重大科技项目研究，以及新科技成果转化和推广应用工作；承担公路、水路等行业有关标准、质量和计量工作；参与拟订行业节能减排发展战略并指导实施；指导交通运输行业职业教育和职工培训工作；联系交通运输行业学会、协会，承办厅业务主管社会团体相关事务；负责开展交通运输技术交流与合作。
（十一）内审处。
承担行业内部审计业务指导工作；组织实施对交通运输行业国有资产保值增值、重大财务收支和经济效益、政府投资的交通建设项目以及自治区交通专项资金征收、使用及管理情况的审计或审计调查；组织实施对厅管直属单位处级领导干部的经济责任审计；负责外部审计的协调配合及审计结果的应用工作。
机关党委 负责机关和指导直属单位的党群工作、思想政治工作；指导交通党建；负责行业精神文明建设和双拥优抚工作。
离退休人员工作处 负责机关离退休人员工作，指导直属单位的离退休人员工作。
四、人员编制
自治区交通运输厅机关行政编制为64名。其中：厅长1名、副厅长4名、总工程师（副厅长级）1名，正处级领导职数13名（含机关党委专职副书记1名），副处级领导职数16名。
五、其他事项
（一）由自治区交通运输厅牵头，会同自治区发展和改革委员会等部门建立全区综合运输体系协调配合机制。自治区交通运输厅会同有关部门组织编制综合运输体系规划，承担涉及综合运输体系规划有关重大问题的协调工作；自治区发展和改革委员会负责全区综合运输体系规划与全区国民经济和社会发展规划的衔接平衡。
（二）城市轨道交通方面的职责分工。自治区交通运输厅指导城市轨道交通的运营；自治区住房和城乡建设厅指导城市轨道交通的规划和建设。两部门要加强协调配合，确保城市轨道交通规划与城市公共交通整体规划的有效衔接。
（三）城市公共交通管理事权在各级城市政府，具体管理职责由各级城市政府负责。自治区交通运输厅负责指导城市公共交通运营管理，与各市要建立有效衔接。
（四）原自治区交通厅所属事业单位由自治区交通运输厅管理，其机构编制事项另行规定。
