汉武帝时立五经博士，每一经都置若干博士，博士下又有弟子。博士与弟子传习经书，分成若干“师说”，也就是若干流派。武帝时的五经博士共有七家。武帝以后经学日益兴盛，博士的数量也逐渐增加。到了东汉光武帝时期，确定了十四家博士。据《后汉书·儒林列传》记载：“于是立五经博士，各以家法教授，《易》有施、孟、梁丘、京氏，《尚书》欧阳、大、小夏侯，《诗》，齐、鲁、韩，《礼》，大、小戴，《春秋》严、颜，凡十四博士。”这十四家都属于今文经学，其官学地位一直保持到东汉末年。
今文经学的特点是微言大义地阐发说明孔子的思想，继承和发扬儒家学说。今文经学以《春秋》为孔子为万世立法的“元经”，其主流就是“春秋公羊学”。公羊学即为《春秋公羊传》里所阐发的微言大义，主要包括大一统、大居正、大复仇、通三统、统三世、更化改制、兴礼诛贼等。汉武帝时期出现了为大一统政治提供了完整的理论体系的公羊学大师董仲舒和善于把公羊学理论运用于现实政治中的政治家公孙弘，经过一代代今文经学学者的推阐与实践，以公羊学为代表的今文经学深受汉朝皇帝的重视，始终在汉朝政治中处于主导地位。
今文经学发展到西汉后期，出现了两种趋势：一方面由于董仲舒对于公羊学中灾异、符瑞、天人感应的阐发，今文经学由此逻辑发展的后果即是谶纬泛滥，再加之统治者的迷信与提倡，经学逐渐神学化；另一方面由于今文经学继承了较多的原初儒学的色彩，其理论内在地包含着对现实的批判，从而越来越不能为逐渐加强的君主专制所容忍。在这种情况下，自西汉中期开始就已经在民间传授的古文经学兴起。
古文经学所依据的经书一般都是西汉中期以后在民间发现的古书，因其是用战国及以前的古文字所书写，故称之为古文经。古文经学与今文经学并不仅仅是文字篇章的差异，主要在于它们对经书的解释与治学方法的不同。今文经学认为孔子是“为汉制法”的“素王”，而古文经学认为孔子只是古典文献的整理保存者，是一位“述而不作、信而好古”的先师；今文经学认为六经都是孔子所作，是孔子政治思想所托，其中有许多微言大义，而古文经学则认为六经是上古文化典章制度与圣君贤相政治格言的记录；今文经学注重微言大义，古文经学注重对经文本义的理解和典章制度的阐明。如果说今文经学关注的重心在于政治哲学与历史哲学的话，那么自西汉后期开始与之针锋相对的古文经学所关注的重心就是历史史料学与语言学。
古文经学的兴起最早起自《春秋谷梁传》，西汉后期曾被立为博士。在王莽当政时期，刘歆极力鼓吹古文经学，并使之立为新朝的博士。东汉时期，古文经学虽然一直没有被立为博士，属于民间学说，但是其影响力越来越大，逐步超出并压倒了今文经学。由于今文经学发展后期日趋繁琐，例如“曰若稽古”四个字可以解释十万字，又有所谓“师法”“家法”的束缚，再加之其与谶纬纠缠过深，使得人们逐渐遗弃了今文经学。而古文经学一来较少受“师法”“家法”的制约，较为自由也较为简明；二来与谶纬瓜葛较少，较为理性；三来其放弃了今文经学的批判性，对君主专制的维护更有优势，所以在今古文经学的长期斗争中，古文经学取得了最后的胜利。东汉的古文经学大师有贾逵、许慎、马融、服虔、卢植等，弟子众多，影响很大。而今文经学只有何休取得较大的成就，他的《春秋公羊解诂》是唯一一部完整流传至今的今文经。
在今古文经学的长期争辩过程中，互相也在逐渐地渗透，互相融合。东汉初年（公元79年）召开的白虎观会议就是一个官方召开的企图弥合今古文经学异同的重要的学术会议。会议的成果由班固写成《白虎通德论》，又称《白虎通义》，简称《白虎通》一书。《白虎通》是以今文经学为基础，初步实现了经学的统一。东汉末年，古文经学的集大成者郑玄，网罗众家、遍注群经，对今古文经学进行了全面总结，自成一家之言。郑玄以古文经学为基础，但又能吸收今文经学中的优点，态度严谨，实事求是，无征不信，从而超过了前人。自此以后郑学兴盛，这不仅标志着今古文经学之争的终结，也标志着汉代经学的衰亡，之后今文经学也随之消失。
汉朝是经学最为昌盛的时代，朝野内外诵读经书蔚然成风，《汉书·韦贤传》引民间谚语说“遗子黄金满赢，不如一经”。汉朝的“以经义决狱”是汉朝经学与王朝政治相结合的一大特色，也是汉朝经学繁盛的一大标志。儒生通过司法实践并官学私学教育，移风易俗，把经学思想深深的植入了普通民众之中。 魏晋南北朝时期是经学由衰落走向分离的时期。在曹魏时期，出现了王学与郑学之争。王学，是指王肃所创立的经学体系。王肃是司马昭的岳父，所以王学获得了司马氏的支持，他注解的《尚书》、《诗》、《论语》、三《礼》和《左氏春秋》以及其父所作的《易传》都被列为官学。王学和郑学之间的纷争，并不是纯粹的学术争论，而带有强烈的政治斗争的意味。这场纷争同时也标志着两汉经学的衰落。
魏晋时期在经学取得成就较大的还有王弼、何晏等。王弼注《周易》，摆脱了汉代用“象数”和谶纬解说《周易》的老路，开创了用义理、思辨哲学解说《周易》的新路，这是经学史上一次重大变革。何晏所作《论语集解》收集了汉以来各家之说，对后世影响很大。这一时期经学的特点是经学逐渐玄学化。
南北朝时期经学也随着政治上的南北对立而分立为南学和北学。据《北史·儒林传》记载，南学《周易》尊王弼，摒弃象数、发挥义理，《尚书》流行《孔传古文尚书》，《左传》盛行杜预撰《春秋左传集解》；北学《周易》、《尚书》主郑玄，《左传》主服虔。“南人简约，得其英华；北学深芜，穷其枝叶。”从学术风格上讲，南学受玄学影响比较大，能博取众家之长，又喜标新立异，反映了其哲学思辨能力的提高，而北学受北方游牧民族质朴风尚的影响，保持了汉朝经学以章句训诂为宗的特点。过去有些学者认为:北朝经学纯粹地墨守郑玄,不杂玄学。其实北朝儒者,尤其是北齐儒者说经时,常引用《老子》及其河上公注,明显地受到道家思想的影响。《礼记正义》将《老子》之道、《易》之 太极、《易纬乾凿度》之大易及《礼记》礼运之大一等概念融为一体,统合地说明万物之起源,可以看出 儒道一致思想。笔者以为其说却源自北朝经学,而非源于南朝经学。北齐以来的学统中有熊安生、刘焯、刘炫、孔颖达、贾公彦,其与《老子》的关系匪浅。贾公彦之子贾大隐撰《老子述义》十卷,基本上继承北齐以来的儒道两家一致思想,而更全面地注解《老子》河上公注。除了《老子》一书以外,北朝儒者亦摄取纬书思想。 清代初期受到明朝灭亡的影响，士人开始思考王阳明路线的弊病，另一方面因为清朝皇帝实施文字狱、编纂《四库全书》、《明史》等思想控制手段，经学中较不介入政治的的实学与考据路线，遂特别发达，尤其重视以大量的古代典籍以及文字学、声韵学、训诂学等方式来研究经书，甚至进一步考证某些经书的真伪、划分学术流派，可以说，清代初期的经学思想是被明朝遗老们如黄宗羲、顾炎武等人所影响主导的。清末基於时代需求，主张激进改革的公羊家大盛，其中又以常州学派的康有为、梁启超等最为有力活跃的人物。
皮锡瑞在《经学历史》中曾说明清代经学“凡三变”，清初，以宋学为主；乾隆以后，许郑之学大明，是为专门汉学。嘉道以后，“汉十四博士今文说，自魏、晋沦亡千余年，至今日而复明。实能述伏（生）、董（仲舒）之遗文，寻武（汉武帝）、宣（汉宣帝）之绝轨。是为西汉今文之学。学愈进而愈古，义愈推而愈高；屡迁而返其初，一变而至于道。”又说：“乾嘉以后，阳湖庄氏乃讲今文之学，孔广森治《公羊春秋》，孙星衍于《尚书》兼治今、古文，陈乔枞治《今文尚书》、齐、鲁、韩三家《诗》，魏源作《书古微》、《诗古微》、《公羊古微》，凌曙作《公羊礼证》、《春秋繁露注》，陈立作《公羊义疏》，王馆长(按，指时任湖南师范馆馆长的王先谦)作《三家诗义疏》，已成《周南》、《召南》、《邶风》，锡瑞作《今文尚书考证》、《尚书大传疏证》。”
两广总督阮元辑《皇清经解》，收七十三家，记书一百八十八种，凡一千四百卷。此书是汇集儒家经学经解之大成，是对乾嘉学术的一次全面总结。 到民国时代以后，由於大量的西学、政治运动取代了原来的经学思想，两者的冲击之中，产生了诸多主张，一般而言，全面排斥西学的想法已经不复存在，但仍存有「中学为体、西学为用」与全面西化的路线争执。胡适在〈论六经不够作领袖人才的来源〉一文就说：“儒家经典中，除《论孟》及《礼记》之一部分外，皆古史料而已。”，胡适因把《诗经》当成文学作品，不是一部经典。古代经书的权威性遂下降，经学也就逐渐式微，民国二十年代，何键、陈济棠等倡议学校恢复经学课程，遭到不少反对。
两岸分治之后，中国大陆对於经学的打击不遗馀力，特别至文化大革命期间，经学在中国大陆上更是受到毁灭与破坏，这样的路线导致一部分后世学者认定「文革为五四的总结」。相对之下，当时的台湾对於经典思想的保存较为完整妥善。今日，中国大陆面对西方人权思想的冲击与改革开放的社会需求，开始重新检视经学内容，企图以经学立场建立足以与西方价值对抗的中国价值，并在二十一世纪初叶逐渐建立学术研究单位，这个动作引起了东亚文化圈的重视，包括日本、新加坡、越南、韩国等国，皆对此价值的建立表现了高度的兴趣。台湾方面则因政党轮替，在去中国化以本土化为主的思维下，经学研究反而显得低调。
