以六安市为例，新型农村合作医疗报销的，必须要使用就诊票据的原件才可以报销。如果是住院发票等丢失了的，就不可以报销。
按照《六安市人民政府办公室关于进一步加强新型农村合作医疗管理工作的意见》相关规定，要规范审核流程，采取网络实时审核与费用清单事后审核措施，对病人、病历、处方、收费的真实性、一致性、合理性进行综合审核并定期复核。严格票据审核，必须使用就诊票据原件报销。
而且还要建立健全稽查制度，通过电话查询、入户回访等方式，对参合患者尤其是异地就医或发生大额医疗费用的参合患者进行跟踪核查。经办机构及其工作人员不得擅自变更支付项目、扩大报销范围、降低或提高补偿标准，严禁虚列支出、提取或变相提取管理费。
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而且还要求定点医疗机构医务人员和财务人员须认真核对参合就诊人员的合作医疗证（卡）的有效性，核实身份信息，不得为冒名顶替者办理门诊及住院手续。贯彻知情同意原则，使用目录外药品和诊疗项目须履行告知义务。
定点医疗机构及医务人员不得降低入院标准、扩大住院范围，不得在开具处方和报销时将目录外药品（或诊疗项目）篡换成目录内药品（或诊疗项目）。对定点医疗机构和相关人员通过虚增住院天数、虚报门诊、住院、体检人次，挂床住院。
伪造医疗文书及报销凭证套取新农合基金的，一经发现要严肃查处，情节严重的要取消医疗机构新农合定点资格直至依法吊销医疗机构执业许可证，对医疗机构主要负责人要追究责任，对违规医务人员可依法吊销执业资格，通报相关违规行为。
丢失发票无法补办，只能医院开具证明。必须使用就诊票据原件才可以报销。
从沧州市卫生局农合办了解到，新农合报销必须使用发票原件，如果原件不慎丢失，暂无补救方案。从沧州市中心医院获悉，丢失发票无法补办，只能开具证明。
根据卫生部、财政部印发的《关于进一步加强新型农村合作医疗基金管理意见》明确规定：“规范新农合经办机构内部监督制约机制，严格票据审核，必须使用就诊票据原件报销。
盐山县卫生局有关负责人称，他们曾向财政部门、沧州市卫生局打过报告，探索农民丢失原始发票后在多方佐证的情况下可否办理报销手续，但报告没有得到批复。
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切实加强新农合参合管理措施如下：
（一）坚持政府主导、农民自愿参合的原则，以农村户籍为依据，以户为单位缴纳参合资金。参合率稳定在97%以上。五保户、一二类低保户、计生“两户”和90岁以上高龄老人等群体的个人参合资金，经核实后分别由民政、计生部门和乡镇政府代缴。
（二）各乡镇政府要充分发挥职能，核清核实人口基数，完成新农合个人参合费收缴任务，并将收缴的参合费用及时、足额上交到财政新农合基金专户，不得另设账户存放，杜绝迟缴、缓缴和挪用。
（三）各县区财政、卫生部门要在准确核查参合人数和个人缴费情况的基础上，按照要求及时将财政补助资金申请材料上报市级财政、卫生部门，市县区财政部门应当及时、足额划拨本级财政补助资金，坚决杜绝虚报参合人数、虚报地方补助资金等套取上级补助资金的行为。
参考资料来源：凤凰网-盐山农民住院发票被偷无法报销新农合
参考资料来源：天水市人民政府-关于进一步加强新型农村合作医疗基金管理使用意见的通知
本回答被网友采纳农村医疗保险报销需要的资料：
出示本人身份证和合作医疗卡直接刷卡报销，市外医院就医需提供：住院发票、费用汇总清单、出院记录(小结)、本人身份证和代办人身份证、合作医疗卡、转院证明，外伤病人携带外伤证明。
农村医疗保险报销比例：
门诊：
村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元;镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元;二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元;三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元;中药发票附上处方每贴限额1元;镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
住院：
报销范围：药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元;手术费(参照国家标准，超过1000元的按1000元报销)。60周岁以上老人在卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
报销比例：镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%。
大病：
凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。本回答被网友采纳
新型农村合作医疗，简称“新农合”，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
《财政部、卫生部关于印发〈医疗收费票据使用管理办法〉的通知》规定：医疗收费票据是会计核算的原始凭证，是财政、卫生、社保、审计、监察等部门进行监督检查的依据，医疗收费票据是按照国家有关规定申请医疗费用报销的有效凭证。
申报新农合报销必须凭医院开具的原始报销发票(即发票原件)，一旦丢失将不能报销所有费用。