首先，吕后与马皇后的出身有些差别。虽然两人都是平民出身，但是吕后的父亲吕公“善沛令，避仇从之客，因家沛焉”，从这个叙述可以看出，吕后父亲是个跟黑白两道都沾边的人。他把女长嫁给亭长刘邦，次女嫁给混黑道的屠夫樊哙，两个儿子也很强势。吕后背后站着一个强势家庭。用现在的话说，就是不大好惹。
马皇后父母早丧，兄弟姐妹俱无，她的父亲“素善郭子兴，遂以后托子兴”，虽然郭子兴对马皇后“育之如己女”，对马皇后来说那总不是她的亲人，她自从嫁给朱元璋就一颗心扑在朱元璋身上。
其次，从性格上来说，吕后的性格非常男性化，刚毅，有谋略，是个很硬性的人物。刘邦也是个很硬性的人物，两个人硬碰硬，生活中难免有摩擦。面临外部敌人的时候两人互相妥协，互相利用，没有了外部敌人，夫妻两人就成为竞争对手。
马皇后从小寄人篱下，不得不学会察言观色，她的性格坚韧而温和，既给朱元璋做好后勤，贤内助，又时时处处给朱元璋留面子。朱元璋虽有一群兄弟姐妹，死的死，嫁的嫁，他从十几岁漂零在外，跟个孤儿差不多。他跟马皇后是孤女遇孤儿，两人互相疼惜，互相怜悯。
再次，开国皇帝打天下不容易，把皇位看得跟命根子一般。他们想立哪个女人为后，立哪个女人的儿子为太子，既有这个女人自身的原因，比如长得是不是漂亮，性格是不是温柔，更有对江山能否坐稳的考虑。
对刘邦来说，在打天下阶段，吕后家族是他的盟友，吕后的哥哥吕泽、吕释之和妹夫樊哙都跟着刘邦南征北战，立下汗马功劳。到了刘邦坐天下的时候，势力强大的吕氏家族对刘邦的皇位是个威胁。刘邦想立戚姬的儿子为太子，既是他喜欢戚姬之子刘如意，也是戚姬母子无势力，不会威胁刘氏家族的利益。
马皇后对朱元璋来说无威胁，她除了朱元璋没有亲人，她对朱元璋是完全的依附关系。谁会背叛朱元璋，她也不会背叛。让马皇后的儿子当皇帝，朱元璋一万个放心。让别的女人生的儿子当皇帝，朱元璋不甘心，她们没陪他共患难，凭什么坐享他打下来的江山。
刘邦死后，吕后独揽大权，重用吕氏家族的人，也是不得已。哪个皇帝也不会对吕氏家族放心，最安全的办法只能是吕氏家族自己把持着大权，不给别人反对的机会。但是这样又引发功臣集团的不满，最终还是被功臣联合剿灭了。
朱元璋坚持把皇位传给马皇后的后代，太子朱标死了，就传位给皇孙朱允炆。朱元璋死后，朱允炆还是被燕王朱棣篡了位。朱棣宣称自己是“孝慈高皇后嫡子”，他是不是马皇子嫡子一直有争议。就算他是马皇后嫡子，叔侄自相残杀也让九泉之下的马皇后寒心。