莲师心咒包含了显教经律论三藏及密续的四续等、九乘法门的精髓心要、三世诸佛所有心咒佛号、上师空行本尊三根本心咒：
嗡啊吽：象征一切诸佛的身、口、意
嗡：象征诸佛的身
啊：象征诸佛的语
吽：象征诸佛的意
班杂咕噜贝玛悉地吽：象征
五方佛皆包含在其中，没有任何一佛是不包含在五部当中的
金刚部：东方
金刚萨埵等
宝生部：南方 宝生佛
莲花部：西方 阿弥陀佛
事业部：北方 不空成就佛
如来部：中央
毗卢遮那佛班杂：象征东方部金刚萨埵等诸佛之金刚种性，是金刚萨埵的心咒
咕噜：象征宝生部诸佛种性，是南方宝生佛的心咒
贝玛：象征莲花部诸佛之种性，是西方阿弥陀佛的心咒
悉地：象征事业部诸佛种性，是北方不空成就佛的心咒
吽：象征如来部诸佛种性，是中央毗卢遮那佛心咒
所以当我们念到莲师心咒的十二个咒字时，五方佛的所有佛号、心咒都包含在其中了，或者也可以解释为法、报、化所有三身佛的心咒：
嗡：象征五部佛等的种子字、报身佛的心咒
啊：象征普贤王如来等、
法身佛的心咒
吽：象征如释迦摩尼佛、
莲花生大士等之所有化身佛的心咒
班杂：象征八大嘿噜嘎等所有本尊的心咒
咕噜：象征所有上师、菩萨、持明者之心咒
贝玛：象征所有位于三处(法、报、化身)之
空行母心咒
悉地：象征财神，如臧巴拉、五大财神、二十一财神等之心咒
吽：象征护法的心咒，所有四密续中所有护法之种子字、心咒皆包含在其中
嗡啊吽 班杂咕噜贝玛悉地吽