南京站和南京南站不是一个站，两站之间距离大概相差13.19公里。
南京站和南京南站的区别如下：
1、地理位置不同
南京站位于南京市玄武区龙蟠路111号，前临玄武湖，后枕小红山，是中国唯一临湖依山的火车站，被誉为“中国最美火车站”；南京南站位于江苏省南京市雨花台区玉兰路98号，是亚洲第一大火车站。
2、面积不同
南京站占地面积36万平方米，总建筑面积42万平方米，站房总建筑面积11万平方米，站场规模为8台16线；南京南站占地面积约70万平方米，总建筑面积73万平方米，站房总建筑面积约45.8万平方米，其中主站房面积达38.7万平方米。
3、建设时间不同
南京站始建于清朝光绪三十一年（1905年），原址位于南京下关地区；1968年9月迁入现址，与南京长江大桥同时建成投入使用；2005年7月完成改建工程，并首次采用“高进低出”的方式，成为中国各地火车站新建改建的范本；2014年8月启用新建的北站房和北广场。
南京南站规划于1986年，地处南京南部新城的核心区；1991年进入早期规划阶段；2008年1月正式开工，北靠雨花台风景区、南临秦淮新河、西接牛首山；2008年8月规划设计方案最终确定；2011年6月28日南京南站及北广场正式投入使用，成为中国第一个通过垂直换乘实现真正零换乘的交通枢纽，其“垂直换乘”的设计理念被铁道部全面推广和使用。
4、班次情况不同
南京站班次情况：高铁班次有76个班次，如G7068、G7111、G7027、G7042、G7069等；动车班次有25个班次，如D5422、D5424、D5432、D5438、D3141等；城际班次有79个班次，如C3111、C3772、C3868、C3189、C3193等。
直达特快列车有27个班次，如Z304、Z88、Z40、Z216、Z368等；特快列车有17个班次，如T109、T110、T114、T7776、T153等；快速旅客列车有120个班次，如K5578、K1511、K48、K464、K1328等。
南京南站班次情况：高铁班次有633个班次，如G264、G1770、G1774、G7084、G7478等；动车班次有137个班次，如D2190、D2256、D3046、D2197、D4682等；城际班次有15个班次，如C9707、C3201、C3253、C3257、C3255等。