1、核算主体的微观性不同
财务会计是以某一企业为主体，核算内容只能是本企业所发生的经济活动，一切与本企业经济活动相联系的、应归属于对方的核算内容，则不应该在本企业进行核算，这也是企业会计主体内在的质的规定;而预算会计是以整个国家预算执行为中心来组织核算，它既要核算各个非物质生产部门的预算收支情况，也要核算物质生产部门的经济效益和利税上缴情况。
2、核算过程的复杂性不同
财务会计的核算过程要涉及供应、生产、销售三个过程，而且每一过程都涉及收付两个方面，核算过程复杂;而预算会计的核算过程只涉及预算收入和预算支出两个方面，没有生产和销售环节，核算过程相对简单。
3、核算目的的营利性不同
财务会计核算的最终目的，就是通过核算，使企业以最少的资金耗费，取得最大的经济效益;而预算会计核算的目的在于体现预算收支政策的执行情况，不在于营利。
4、会计要素不同
财务会计的会计要素为资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润;预算会计的会计要素为资产、负债、净资产、收入和支出。
5、会计等式不同
财务会计的会计等式为“资产+费用=负债+所有者权益+收入”;预算会计的会计等式为“资产+支出=负债+净资产+收入”。
6、所适用的会计核算基础不同
财务会计一般以权责发生制为会计核算基础，而预算会计一般以收付实现制为会计核算基础。
7、核算目标不同
财务会计的核算目标在于实现企业利润的最大化，而预算会计的核算目标在于反映单位的预算收支状况。
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