果园发现新品种实际就是芽变选种。芽变是体细胞突变的一种形式。苹果是最容易产生芽变的果树，目前栽培的红王将、新嘎拉、新红星等均来自芽变。
芽变选种程序包括初选、复选、决选3个阶段。初选就是在果园通过细致观察，发现变异。发现变异单株后，作好田间记载、编号、标记，标明该入选株的位置、变异特点、性状、初评结论等。复选就是对初选入选的单株进行全面系统的比较鉴定，主要内容包括：遗传性测定和品种比较试验、区域性试验、中间试验。遗传性测定是最主要的环节，测定变异稳定性。决选是在复选基础上，对入选单株（系）进行全面系统的审查，做出有无推广价值，可否成为新品种的最后鉴定。