第一部塞博特恩内战结束约数世纪后，汽车人和霸天虎分别演化为巨无霸（Maximal[2]）和原始兽（Predacon[3]）。BEAST WARS第一季精彩图片(80张)原始兽的领袖威震天 [4]（一位盗用了G1威震天[5]之名的原始兽将军）和其他5个人偷走了能指出主要能源所在地的金盘，并驾驶飞船（黑暗星舰）追随金盘上的信息，运用反偏转[6]跳跃穿梭到金盘指定的时空，威震天希望有足够的能量使原始兽称霸宇宙，以擎天圣为首的科学探索小队接到命令前去拦截。威震天不顾星际法律，强行进行反偏转跳跃，双方坠落在史前地球。双方都探测到了这个星球上拥有很强的原生能量，但这种能量对他们有害。因为记载中没有提到这些能量，所以他们没有意识到这里是史前地球。为了抵御原生能量的干扰，他们扫描地球生物，并以动物形态为变形模式。而史前地球的能量也导致了威震天的野心进一步膨胀，他开始率众原始兽掠夺能量。为了安全和生存，以擎天圣为首的巨无霸小队展开了反击。
随着战斗的深入，一些奇异的情况被发现，BEAST WARS第二季精彩图片(68张)原来史前地球是外星人——沃克人的试验场。外星人抓住了擎天圣，并对他进行了扫描。因为擎天圣是穿越时空来到这里，所以外星人通过扫描看到了未来，连宇宙大帝都被他们击败了，于是外星人心生恐惧，决定摧毁这里。天上的两个月亮之一开始变形，原来这是外星人的终极武器。擎天圣决定登上平衡舱去炸毁外星人的武器，但是中了狼蛛的计，擎天圣和外星人的武器一起被炸得粉碎，导致了一场量子风暴。后来，犀牛冒着生命危险将擎天圣的火种拉回，并植入一个空白的原生体，使擎天圣得以复活并成为了金属变体。
外星人消失了，但危机还没有解除。根据金盘记载，人类帮助汽车人打败了霸天虎，而原始人会在某个山谷中出现。为了改变历史（未来），威震天决定消灭这些原始人!但在恐龙勇士的努力下，原始人逃过了一劫。
更令人吃惊的还在后面，BEAST WARS第三季精彩图片(80张)坠毁于史前地球上的汽车人飞船——方舟被发现了。至此，双方认定这就是史前地球。此时，汽车人还在方舟中沉睡。威震天破坏了擎天柱的头颅，引起了超级时空风暴，企图改变历史。但犀牛、擎天圣等人修复了擎天柱，保证了历史的正常发展。
斗争更复杂化了，威震天发现了坠毁在海洋深处的霸天虎主力战舰——报应号，并企图用这艘战舰摧毁方舟。千钧一发之际，巨无霸中的犀牛驾驶汽车人的救生飞船撞毁了报应号。
装载着反偏转程序的飞船再次发射了，巨无霸们踏上了回家的路途。而从报应号中脱身的威震天趴在飞船的外面，和巨无霸们一起向塞博特恩驶去
第二部在巨无霸们押送威震天返回塞博特恩时，威震天逃脱，率先抵达塞博特恩，并完全控制了塞博特恩，击落了巨无霸们的飞船。威震天企图消灭全部有机形态元素，在塞博特恩上散播病毒，抽取了所有变形金刚的火种，以将其纯化为无机化力量。擎天圣率领小分队顽强抵抗，在圣贤的指引下，激发了塞博特恩内部的有机能源，对抗威震天的机械军团（武装兽）。最后，威震天成功收集所有变形金刚的火种并纯化自己，变得异常强大，企图利用魔力神球之钥将塞博特恩完全无机化，擎天圣为阻止威震天而与其同归于尽。塞博特恩转变为充满绿色的有机星球，擎天圣用生命换来了塞博特恩有机与无机的和谐统一
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