关于日本人的祖先的版本流传甚多，可谓众说纷纭，但是哪个最靠谱，似乎还没有太明确的定论。
最广为流传的版本当然就是徐福东渡的故事了，据传，秦始皇派方士徐福率领五百童男童女远赴日本寻找长生不老药，后来就定居于此，甚至徐福还成为日本第一个天皇。徐福给日本带去了文字、农耕、医学等，这样，徐福被日本人尊称为“农神”、“医神”，直到现在日本当地还有诸多的徐福遗址。为证明徐福是日本人的祖先，日本人也是颇费心思，甚至有考古佐证。在日本出土了诸多铜器和碳化米，都意味着中国秦汉人的东渡。至今在日本还有徐福墓，每年都有“御船祭”、“灯祭”等祭祀徐福的活动。
还有一个版本就是日本人的祖先是朝鲜半岛移民过去的，主要是考虑到朝鲜半岛与日本地理位置上比较近。这个观点大概也就是韩国人所说的日本人起源于韩国人的主要论据了。
也有民间戏言，说日本人是武大郎的后人，武大郎喝下潘金莲的毒药后侥幸不死，反而练成了绝世神功。面对不守妇道的潘金莲，武大郎看破红尘一怒之下带领几百小弟奔赴海外修炼神功。碰巧发现了比哥伦布还要早四五百年的新大陆，于是和后代慢慢地过上了与世绝缘世外桃源的生活，不过这也造成了日本人普遍矮小的身体特征。
以上的几个版本有些虽然广为流传但却没有确凿力证，一些版本甚至有点荒诞。据考证，日本在几万年之前就有原始人类居住了，可谓麻雀虽小，五脏俱全，有看法是，日本人的人口组成是来自远古时代各地的移民，有西伯利亚过去的，有朝鲜中国过去的，甚至还有马来西亚过去的，可以说大和民族是多族杂交的混合民族。
日本人的祖先到底来源自哪里，或许需要进一步的考证和研究。
徐市载秦女，楼船几时回。”有人认为，徐福就是日本建国史上著名的神武天皇。然而由于《史记》对徐福求仙的记载“语焉不详”，这个历史事件便成了干古之谜。
东渡之谜
徐福东渡一事，始见于司马迁的《史记》。公元前221年，秦始皇统一中国。在完成统一中国的旷世伟业后，始皇帝就开始追求长生不老之术，期盼永享人世间的荣华富贵，先后多次派人搜寻可以长生不老的“灵丹妙药”和“万岁不死”的方法。
徐福，即徐市，字君房，齐地琅呀人，秦著名方士。他博学多才，通晓医学、天文、航海等知识，且同情百姓，乐于助人，故在沿海一带民众中名望颇高。他毛遂自荐，上书秦始皇愿替皇帝出海求仙。始皇帝大喜过望，两次派徐福出海求仙。但第二次出海后，徐福却没有回来，连同所带的童男童女3000人、百业工匠、五谷种子和各种器物一起消失在茫茫的大海之中。
神武天皇
从徐福出海的航行路线看，许多学者认为他东渡到了日本。在日本，有关徐福的传说和记载很多，更有学者认为，徐福就是日本建国史上著名的神武天皇。日本人民也把徐福作为他们的先圣崇拜，在日本至今保存有徐福墓、徐福宫、徐福岩、徐福上陆纪念碑等遗址。现在有一些日本人也说自己是徐福的后裔。
中国秦朝时，大陆东部的扶桑旧本列岛)仍处于蛮荒的原始社会阶段，史学家把那个时候的日本称为“绳文时期”。绳文文化时代原始人群多居住在简陋的竖穴，使用打制和磨制石器工具，过着渔猎采集生活，尚不懂稻作农耕。但到公元前3世纪左右，也就是徐福的船队消失100年左右的时间里，日本列岛突然从渔猎采集经济时代跃进到以稻作农耕为中心的农业经济时代。一个令人信服的解释是，这个飞跃是由于得到了承载中国文明的徐福船队的猛烈浇灌而盛开的文明之花。
拨云见日
然而质疑的声音也有很多。
首先，航海技术达不到。唐代鉴真东渡，在由日本人做向导的情况下，还用了七次才成功，难道秦朝的徐福在不知道日本具体方位的情况下，一次就能成功?其次，规模不够。徐福一行是数百甚至数千余人，仅按照每人每天吃1斤粮食计算，每天也要半吨以上，再加上饮用水，每天的消耗应该不会低于1吨。徐福船队的运载能力远远达不到这种要求。
即便根据传说，徐福等人的确到了日本，也并不能说明日本当地就没有早已经存在的土著人了。就算徐福到了日本，甚至即便他是第一代天皇，也并不能说明徐福就是日本人的祖先。
然而由于《史记》对徐福求仙的记载“语焉不详”，两千多年来，徐福到底去了哪里依然争论不休。但无论是日本还是其他地方，人们都怀念徐福，感激徐福给当地带来的变化。在这些地方，世代传说着徐福教当地人种水稻、凿水井、制造农具，传播医药、纺织等知识的故事。尤其在日本，徐福船队的到来给日本带去了翻天覆地的变化，将日本从一直徘徊不前的原始社会推向了奴隶社会。
秦代有徐福带领500童男童女东渡日本的说法，很多人都说日本人来自于徐福和这500孩子的后代！但是日本人认为，日本原住民来自中国云南，韩国人却认为日本人来自朝鲜半岛，那到底日本人来自哪里呢？日本人蒙了。
汉代的时候已经有了日本群岛及人民，而徐福和那500个童男童女那才去到一百多年，就算开足马力，500人100多年也不可能生出日本群岛100多个国家来啊！时间根本对不上。
日本的历史和人类学家研究，日本群岛的原住民可能有两个来源，一是，从中国云南来，因为云南最早出现文明，但是呢，这个迁移路线有问题，而且缺乏史料记载，难度较大。因此，不被接受。
而第二种，认为来自台湾和澎湖列岛这种观点也有待考证，因为澎湖列岛和台湾的居民都是从福建等地迁移过去的！
但是韩国历史专家的观点又不一样，他们认为。朝鲜半岛在公元前5000多年就开始了大航海迁徙时代。一部分去了东南亚，和印度，创造了东南亚文明和印度文明。然后一部分经过大陆到了中国，孕育了黄河文明。而日本就近朝鲜半岛，因此，日本肯定也是朝鲜半岛移民过去的，创造了日本文明。
虽说，日本，我国和韩国的说法都不一样，但是目前来看，也没有能够有说服的说法出现！