内设机构
根据上述职责，国务院办公厅设9个内设机构：
（一）秘书一局
办理国务院全体会议、
国务院常务会议等会务及国务院领导同志内事活动、政府信息公开、文电收发运转和国徽印鉴管理、信息、档案、公文核稿、文印、机要通信和机要文件交换、办公厅保密、
《国务院公报》和《国务院大事记》编辑等方面的工作。
（二）秘书二局
办理发展改革、工业和信息化、财政、人力资源和社会保障、国土资源、环保、住房和城乡建设、交通运输、铁道、水利、农业、商务、银行、审计、国资监管、海关、税务、工商管理、质量监督、检验检疫、统计、林业、旅游、气象、证券、保险、电力监管、扶贫、供销、贸促及港澳经济等方面的文电、会务和督查调研工作。
（三）秘书三局
办理教育、科技、国防、外事、政法、民族、监察、机构编制、民政、文化、卫生、人口计生、广电、新闻出版、体育、知识产权、宗教、参事、机关事务管理、
港澳台侨、法制、地震、自然科学基金、妇女儿童、残疾人工作等方面的文电、会务和督查调研工作。联系
全国人大、全国政协、军队、宣传、统战等方面的工作。承办国家科技教育领导小组的日常工作。
（四）国务院应急管理办公室（国务院总值班室）
负责国务院值班工作，及时报告重要情况，传达和督促落实国务院领导同志指示；组织开展应急预案体系建设，协助国务院领导同志做好有关应急处置工作；办理安全生产、信访以及国务院应急管理方面的专题文电、会务和督查调研工作。
（五）督查室
组织开展重大专项督查，承办与有关中央机关联合开展的督查工作；组织拟订国务院办公厅督查工作制度和工作规划，指导和协调国务院办公厅有关司局的经常性督查工作。
（六）电子政务办公室
负责国务院领导同志办公室和机关的政务信息化规划、建设、技术与安全保障，以及
中南海北区有关会议、活动的多媒体技术服务；组织开展中央政府门户网站的建设、运行管理和内容保障工作；负责国务院办公厅联接各省、自治区、直辖市人民政府和国务院各部门计算机网络的建设和管理工作。
（七）人事司
负责机关的人事管理、机构编制、教育培训和外事工作。
（八）行政司
负责国务院领导同志的服务事务和机关的后勤管理工作。
（九）财务室（副司局级）
负责机关财务、国有资产管理；制定机关政府采购工作相关制度，承办机关政府采购计划、合同审批工作，监督机关政府采购执行情况。
机关党委
负责机关的党群工作。
离退休干部局
负责机关的离退休干部工作