本作剧情承接《拳皇95》和《拳皇96》，事件源于大蛇一族意图复活他们的主、地球的意志之一“大蛇”，并令世界毁灭。本作中，一间大型机构举办赛事，依旧草薙京与两名好友二阶堂红丸及大门五郎再度组队参赛，神乐千鹤加入正在缺人的女性格斗家队，八神庵则因为曾经因大蛇之力暴走以没有与任何人组队参赛。
而大赛中的新人矢吹真吾则在个人赛获得胜利，而决赛则落败。比赛结束期间，因为大蛇逐渐重生，令到八杰集后代蕾欧娜及八神家后代八神庵两位拥有大蛇之血的人暴走，两人被击败后恢复意识。
八杰集剩下的四天王（火焰克里斯、荒电雪露咪、大地七枷社）力量觉醒并成功以克里斯为容器令大蛇暂时重生，并且开始进行世界再生。最终由三位三神器的后代（草薙京、八神庵、神乐千鹤）成功合力封印了大蛇及部分八杰集成员），至此，大蛇篇故事暂告一段落。
扩展资料：
角色介绍——
1、草薙京
《拳皇》大蛇篇的主角，贯穿KOF系列的灵魂人物。守护三神器之一“草薙剑”的草薙一族后裔，草薙家家主草薙柴舟之子，拥有操纵赤炎的能力。
2、神乐千鹤
守护三神器之一“八咫镜”的八咫一族巫女。因为守护着大蛇的封印而不能透露姓氏，因此改姓“神乐”。多次促成京、庵两人的联手。
3、八神庵
草薙京的徒弟，在KOF96上看到京的活跃而产生憧憬，决意拜师。装束完全向京看齐，平时甚至会用笔记下京说过的话。
4、大蛇
大蛇篇最终BOSS，被称为“地球意志”的存在。自远古时代起便一直守护着地球，因人类与自然的对立加剧而决定清洗世界。
一九九七年——众格斗家的决胜战之后，高尼茨突然出现的破坏引起了很大的回应，市民争相希望了解，当天究竟发生了什么事情。主办机构亦忙于向那次特别事件作出解释（说是由恐怖分子引起的事端）及处理善后的问题。
K.O.F.96大会的成功，不单引起了格斗潮流，更引起了数间巨大企业的兴趣，并以赞助者的名义期望举办K.O.F.97，K.O.F.97之声势就此日渐壮大。在一遍群情汹涌下，K.O.F.97正式落实举行了。大会决定举办后，世界各地的武道家都会纷纷云集。在大赛前，与草薙京有着宿世姻缘的女友雪登场，同时草薙京的徒弟——十分仰慕他的矢吹真吾也出现在大众面前，草薙京传授了他草薙流古武术。
经过激烈比赛，大会结束，此时八神庵和莉安娜体内的邪恶力量突然爆发。在击败暴走的两人后，在大会中引人注目的七枷社、夏尔米、克里斯登场，这三人的真实身份竟然是大蛇一族的四天王。一番激战后战胜了三人，而这时候大蛇借助克里斯的身体成功复活！传说之中最强的黑暗力量主人——大蛇OROCHI终于出现了！最终OROCHI败于三神器的草薙京、八神庵、神乐千鹤的手上。
后话：元气大伤的八神庵被神乐千鹤救回神舍修养，而重伤的草薙京则被N.E.S.T.S.组织生擒回去，成为制造复制人的素材……（《拳皇》音巢篇开始的引子）
扩展资料：
选用以下队伍通关，会看到特别结局
1、主角队：草薙京、二阶堂红丸、大门五郎（使用草薙京击败大蛇，结局会对决八神庵）
2、三神器队：草薙京、八神庵、神乐千鹤（拳皇97正统结局）
3、师徒队：草薙京、矢吹真吾、第三个人随意，只要不是八神庵或莉安娜就行
4、94女子格斗家队：坂崎百合、不知火舞、King
5、旧时代明星队：拉尔夫、克拉克、麻宫雅典娜
6、SNK超级巨星队：草薙京、特瑞、坂崎亮
7、边缘队：二阶堂红丸、东丈、金家潘
8、Game-ST队：特瑞、东丈、玛丽
9、Fami-Tsu队：陈国汉、蔡宝健、山崎龙二
10、Neo·Geo Freak队：草薙京、不知火舞、比利
注：从第四个开始其实所谓的特别结局也就是在职员表前会插入一幅特别的图而已，最后三个街机版或家用机版language必须调成日语才能看到，SS或PS版的话必须买日版。