日本宗教的历史是不同的宗教传统之间相互影响的一个漫长过程。 在欧洲，基督教的势力胜过诸多异教而独占鳌头；相比较之下，日本本土的神道教则是从日本形成为国家之始直到现代，它是日本人生活的重要组成部分。
当佛教于6世纪传入日本的时候，神道教和佛教信仰便开始了相互作用、相互影响的过程，这是日本宗教的决定性的特质。这种交互影响的一个更为惊人的例子是“本地垂迹”（honji suijaku）理论，该理论声称，神道教里的天照大神（kami）乃是佛教诸神的化身。
儒教和道教是日本“进口”的另外两种宗教，一千多年来，他们在日本社会中扮演了重要的角色。 在日本国家的形成时期（大约公元6-9世纪）以及江户时期(1600–1868)，儒教的格言对于日本道德观念以及政治哲学的形成有着主要的影响。 道教在日本比儒教更难觅踪迹，其主要的影响见于中国历法的采用和一些大众信念，例如算命和风水。
神道教
神道一词，经常被翻译为“神之道”，用两个汉字写成。第一个汉字翻译为kami，单独使用时候意思是神、神祉或者神力；第二个汉字意思是道或者道路。随着稻田耕作制度在弥生时期(300 B.C.—300 A.D.)的引进，逐级发展起来的农耕仪式和节日庆典成为神道教的组成部分。
虽然“神”这个词用来指独一无二的神，它也作为集合名词使用，指从弥生时代起日本崇拜的诸多神祉。“神”是生活所有方方面面的一个组成部分，并且能够以多种形式显现。“自然神”存在于圣石、树木、山岳和其他自然想象里面的。部落神或者叫“氏神”，是某个特定部落的保护神，经常是被神化了的部落祖先。水稻神（“田神”）在插秧和收获季节崇拜。 “生神”，乃是活着的人神。与西方意义上的神最为相像的神是居住在天上的天神。他们由尼寺姬神统领，在中央神道教神庙伊势神庙被供奉。
作为对结构严密的佛教教义的回应，6世纪时候， 分散的本土信仰和仪式逐渐开始系统化，最后形成神道教。将皇室血统的合法性建立在一个坚固的神学和宗教基础上的愿望导致了公元712年和720年《古事记》和《日本纪事》的编撰。这些书籍将王室血统追溯到传说时代，讲述了伊山阿木和伊山阿见如何创造日本列岛以及太阳神、月亮神和风暴神的故事。据传说，尼寺姬神的曾曾孙就是传说中的日本第一个君主神武天皇。
神道教缺乏官方正式的经文，这反映了它缺乏宗教的道德清规戒律。相反，神道教强调仪式的纯净以及与神交往时候的清洁。
佛教
佛教在公元前5世纪时候诞生于印度，公元2-3世纪传播到中国。 在6世纪中叶，百济国王向日本天皇赠送佛像和经书，这样佛教便通过朝鲜传到日本。 在亲佛教的强大的曾我家族打败反佛的宗派之后，佛教在日本社会的上层得到迅速的传播。圣德太子(574–622)资助了法龙寺的建设，他被认为是日本佛教的真正的创始人。
圣武天皇(701–756)将佛教作为日本的国教，并且在奈良建立了东大寺和巨大的佛像。但是，佛教和神道教仍然能够共处共存。这个时候在日本佛教中处于支配地位的是奈良的六个宗派，他们负责举行推动全民福利的那些仪式，但是因为他们学术色彩强烈，在一般民众中没有什么影响。平安时代的早期，天台宗被僧侣最澄(767–822)引入日本； 而真言宗被空海(774–835)传入日本，空海又被称作“少穂大使”。这两个神秘的宗派逐渐地成为日本宫廷里面最重要的派别。
在镰仓时期(1185–1333)日本的佛教发生两件重大的事情。 第一件事情是禅宗的诞生。 临济禅宗的创始人荣西 (1141–1215)创立了禅宗；后来曹洞禅宗的创始人道元 (1200–1253)对禅宗进行了修正。因为禅宗的直接性以及强调自律和冥想，禅宗在武士精英阶层受到欢迎。禅宗在实践中使用静坐沉思，称作“坐禅”、不合理的哑谜，称作“谙”，并且把这些当作达到顿悟（“悟”）的工具。这两个派别的不同在于临济禅宗比曹洞禅宗更强调哑谜的重要性。
另外一个重大事件是，各种广受欢迎的佛教宗派在普通人当中迅速普及。这些宗派包括净土宗，这个宗派认为吟唱阿弥陀佛的名字是获得再生的最好方法。还有日莲宗，强调吟唱莲花经的标题。
在江户时期(1600–1868)，德川幕府要求每个人都必须归属于某个寺庙，这是控制人民并且清除基督教影响的一个部分。这个措施保证了信教的人数，但是并不能使佛教更具活力。明治时期(1868–1912) 由于神道教的反佛情绪，政府试图铲除佛教把神道教作为国教，这个强迫皈依的制度遂告崩溃。二十世纪的社会环境发生了巨大变化佛教正在努力寻找自己在现代日本的位置。
基督教
日本的基督教可以分为三个时期：16世纪中叶与基督教的初步接触；基督教在200多年的锁国之后在19世纪中叶的重新引入；二战以后的时期。
传入和迫害
耶稣会传教士Francis Xavier1549年8月到达鹿儿岛。耶稣会的传教活动集中在日本四大岛屿最南端的九州。到1579年，6个大明皈依基督教，当时大约有100,000基督徒。军事首领织田信长给与耶稣会的活动十分宽厚的待遇；军事统治者丰臣秀吉初期也善待耶稣会。
但是，可能是因为耶稣会在九州实力日渐增长，秀吉转而反对基督教，1597年在长崎绞死了26名基督徒。德川家康于1600年成为事实上的日本统治者，他刚开始还容忍传教士，但是到了1614年，德川幕府开始禁止基督教，并且将传教士驱逐出日本。在这个时候，日本基督徒总数约为300,000人。据估计，大约3000名被处决，大量的基督徒被迫改变信仰。另外许多人则隐藏自己信仰，继续秘密地信教。
重新传入
日本放弃锁国政策后，外国传教士于1859年回到日本，虽然直到1873年他们才被允许公开传教。这段时间，大约30000名隐藏的基督徒公开自己身份，他们属于在200多年迫害过程中秘密结成的一些团体。
天主教和新教的传教士从这个时候都开始活跃起来，虽然皈依者还不多，基督徒在教育和工会运动中影响却很大。日益增长的民族主义以及把神道教推崇为一种爱国主义义务，使得30年代对基督徒来说成为艰难时期。
二战以后
二战刚刚结束的时候，基督教的活动得到了占领当局的支持，但是收效不大。1996年，基督徒的人数是3,170,000, 占人口总数的不到2.5%。
尽管表面的基督徒婚礼越来越流行，但是基督教仍然被许多日本认为是外来的宗教。 多年来人们对于基督教的知识在不断丰富、兴趣一直在增长，人们对于基督教并不陌生。但是这种熟悉并没有导致信教人数的大幅度增加。基督教在日本发展缓慢的原因之一，可能是基督教过于强调神的独一和排他性，这就要求坚决地排斥更为松散的神道教和日本佛教。
今日日本宗教
作为主流的神道教和佛教
城市化切断了许多日本人与家庭的纽带，把他们限制在某个佛教寺庙或者神道教的神庙。许多日本人仍然认为自己既是神道教徒又是佛教徒。文化事务厅（The Agency for Cultural Affairs） 1996 的统计数字表明，信奉两种宗教的日本人大约是194,000,000人，占日本全部人口的54%。在多数日本人的宗教感情里面，神道教和佛教和平共处并不冲突。对普通人来讲，归属某一个宗教并不等于必须定期礼拜和上教堂。多数人每年不过拜访教堂、寺庙一次而已，或者把这当作特别的仪式，纪念生命的流逝。
这些一年一度的事件包括：神社或者寺庙节日、新年时候第一次去神社或者寺庙、以及盂兰盆节期间访问家族的墓地。纪念个人生活的某些阶段的一些仪式包括：孩子刚刚出世访问神社、3岁或者5岁的男孩子及3岁或7岁女孩的七五三节、 神道教的婚礼以及佛教葬礼。
新宗教
二十世纪日本宗教的最显著的变化是一系列新宗教的传播发展。这些新的宗教吸收了传统宗教的许多东西包括神道教、佛教、儒教、道教、民间宗教和萨满教。新宗教的创始人经常被认为是活的神（“生神”）。.
新宗教的吸引力之一，据说是他们给人们提供的归属感，因为现代人缺乏心理和精神的支持。而在过去，大家庭、本地村社和传统宗教都可以给人们提供这种心理和精神支持。
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