本尊菩萨，就是修行人念念依止、念念学习、念念祈祷、念念观想的菩萨。
本尊，是
佛教密宗的特有概念。
密宗四部的每一部都有各自的精神宇宙模式，即“坛城”系统，这个系统有一密乘主神与一些眷属神灵组成。坛城中的主神就是人们所称的本尊神。每个修习密乘者都要以一位各自的本尊神作为观修的对象。
较为著名的善相本尊是文殊菩萨、
观世音菩萨、度母、
无量寿佛等等。较为著名的怒相有本尊大威德金刚、金刚橛、马头金刚（或称马头明王）、金刚手（亦称恰那多吉）。善、恶相兼具本尊神有密集金刚、胜乐金刚、喜金刚、时轮金刚和金刚亥母。