1、浙江大学
2017年5月9日，浙江大学冷冻电镜中心正式成立，中心从2013年11月开始筹建，2016年7月开始场地建设，2017年1月进入仪器设备的安装和调试阶段。
中心配备了一系列高端电子显微镜设备、光电关联显微成像设备、光刺激高压冷冻设备、场发射扫描电子显微镜设备及各种相配套的大数据计算系统，建立了完整的分子克隆，蛋白表达、纯化及蛋白表征的研究平台。
据介绍，中心的科研服务方向一是做蛋白质活体的结构，二是做细胞组织的结构。中心的目标是建成世界一流的实验中心，为全国乃至全球有电镜需求的研究者们提供先的技术支持。
2、清华大学
2014年，清华基地冷冻电镜设备基本到位，中国一跃成为这一领域的领头羊。
清华基地包括冷冻电镜平台、X射线晶体学平台、核磁技术平台、蛋白质制备与鉴定平台、生物计算平台、细胞影像平台、细胞功能分析平台、蛋白质化学与组学平台、代谢与脂质组学平台、基因测序与分析平台、BSL-2公共平台共11个技术平台。
设立全国用户服务中心和蛋白质设施办公室，配置50万以上大型仪器设备123台套。
3、上海科技大学
上科大生命科学电镜平台（以下简称电镜平台）是由iHuman研究所牵头建设的重大基础科学平台设施。
冷冻电镜可用来解析亚细胞和生物大分子的高分辨三维结构，研究对象涉及不同的结构层次。平台以服务于结构生物学、细胞生物学及相关领域的转换研究为目标。
上科大生命科学电镜平台一期项目已安装300kV冷冻透射电镜2台，200kV冷冻透射电镜1台，120kV透射电镜2台，Aquilos双束扫描显微镜。
以及高压冷冻、冷冻切片等配套样本制备相关设施，冷冻电镜图像数据采集、存储和处理计算机网络系统高性能计算机集群一套，为科研工作者提供完整的冷冻电镜技术解决方案。
以上内容参考 清华大学-国家蛋白质科学研究（北京）设施清华基地
以上内容参考 浙江大学-浙江大学冷冻电镜中心正式成立
以上内容参考 上海科技大学生命科学电镜平台-平台简介