在实验室里，科学家让果蝇产生了无数种变异体 。通过系统筛选，科学家通常选择其基因组里面大概13400基因进行诱导，使果蝇变异。过程通常是用有明显表现型的纯合子杂交，已得到下一代F1和F2，就可对其进行研究了。常见的变异有眼睛颜色, 翅膀形态, 身体颜色，头部形态等等。
眼睛颜色突变体
白色眼睛 (white eye)：眼睛的颜色由红变成白色。是由于“白色”的基因产生缺陷, 不能产生红色颜料。这也是摩尔根科学研究的第一个变异体。通过该实验，他第一次在动物中验证了孟德尔遗传定律的正确性。
橙色眼睛 (orange eye): 这些果蝇的眼睛有橘黄色的。橙眼果蝇一样是由于它们的“白色”的基因有缺陷。但在这些果蝇中，它们的白色的基因只能产生较少的红色颜料。
翅膀形态突变体
短翅 (Short wing): 这些果蝇有缩短的翅膀。它们是不能飞的，是由于这些果蝇在第二染色体上有缺陷。这是一个隐性的突变，只有来自父母两者的基因都具有突变，才可也产生异常的翅膀形状。如果只有一个突变，健康的基因可以覆盖有缺陷的基因。
卷翅 (Curly wing): 这些果蝇有卷曲的翅膀。它们是由于第二个染色体上的卷曲基因有缺陷造成的。具有卷曲翅膀的是显性突变，只要有一个拷贝的基因被改变，就能产生缺陷。如果这两个副本都发生突变, 结果是是致死的，果蝇将不能存活。
身体颜色突变体
黄色(Yellow)果蝇: 这些果蝇的身体颜色比正常果蝇的黄。它们是由于在X染色体上的“黄色基因”有一个缺陷造成的。由于需要黄色基因生产果蝇的正常的黑色色素，黄色突变的果蝇无法产生这种色素。
乌木色(Ebony)果蝇: 这些果蝇有一个黑暗的几乎是黑色的身体。它们是由于在第三号染色体上的“乌木基因”有缺陷而产生的。在通常情况下，乌木基因在正常果蝇是负责积累棕褐色色素。如果乌木基因有缺陷的，会导致黑色色素积累, 并遍布果蝇的全身。
头部形态突变体
无眼（Eyeless果蝇): 这些果蝇没有眼睛。这是由于它们的“眼睛缺席”基因有突变而产生的。这些果蝇指示幼虫的有关细胞不能形成眼球 。
触角腿(Antenna-leg)果蝇: 这些果蝇的腿状触角长在它们的前额上。这是由于它们自己的“触角”基因，拉丁语为“触角腿” （antenna-leg）有缺陷造成的。在正常情况下, 这些基因指示一些人体细胞成为腿。在这些突变的果蝇中， 它们的触角基因错误地指示通常形成触角的细胞，形成腿。请和正常的果蝇（或“野生型”）做比较。正常的果蝇的触角在它们的红色的眼睛的前面伸出, 见图。
