临床发现部分乙肝病毒携带者可出现病毒自然转阴现象，据统计其年平均转阴率为1%～2%。目前认为乙肝病毒携带者能否自然转阴可能与某些因素有关，据统计15岁以上成年组HBsAg阴转率高于1～14岁儿童组；HBsAg低滴度组（≤1∶128）的阴转率高于高滴度组（＞1∶256）；HBeAg阴性者的HBsAg阴转率高于HBeAg阳性者。
乙肝病毒携带者，如肝功能、B超、AFP（甲胎蛋白）及白细胞、血小板等正常情况，一般不必治疗，因为目前所有的抗病毒疗法及免疫调节疗法都无明显疗效，盲目的地服用“转阴”药物，有时不仅达不到目的，反可诱发肝炎，使携带者变为肝炎患者；对于一部分乙肝病毒携带者中HBV-DNA也阳性，其中有一部分人的肝脏可能有炎症，实际上是慢性肝炎，如出现肝功能异常，则需酌情考虑抗病毒治疗。