内蒙古民族大学蒙医药学院在科学研究领域取得了显著的成果和广泛的合作。学院积极与多所国内外知名高校，如黑龙江中医药大学、沈阳药科大学、辽宁中医药大学、吉林农业大学、中国药科大学、华中科技大学、华北煤炭医学院等，以及企业如内蒙古蒙药股份有限公司、陕西步长制药有限公司、奥特奇中蒙药制药有限公司等建立了密切的伙伴关系。
截至2011年3月28日，学院在蒙医药研究方面取得了多项重要突破，包括获得了8项国家专利，一项首例国家三类新蒙药证书，以及5项国家新药临床研究批件。在自治区级别，学院还获得了科技进步二等奖和三等奖各一项。这些成果体现了学院在科学研究方面的扎实实力和领先地位。
自2000年以来，学院承担了众多科研项目，涉及国家级项目如科技支撑项目、国家自然科学基金项目、国家药典项目、国家社科基金项目等，还有教育部、国家中医药管理局等课题，以及自治区教育厅、卫生厅、科技厅和自然科学基金等多个部门的项目。学校自身也承担了50多项项目，充分展现了学院在学术研究和实践应用方面的活跃度和创新精神。
内蒙古民族大学蒙医药学院是2000年通辽地区三所高校（内蒙古民族师院、内蒙古蒙医学院和哲里木畜牧学院）合并成立内蒙古民族大学之后，原内蒙古蒙医学院的主体部分蒙医系和蒙药系合并组建的内蒙古民族大学二级学院，是内蒙古民族大学的特色学院，其蒙医药学科为全校优势学科。