建安元年（196年），为了达到“挟天子以令诸侯”的战略目的，曹操先是不断向献帝进献食品和器物，博得刘协和朝中大臣们的好感。在迎接刘协后不久，曹操就借口粮食匮乏，连哄带骗把刘协及一班朝中大臣转移到许昌。至此，汉献帝正式迁都于许昌。也许此时的刘协还以为再也不用经历童年、少年时候的悲惨生活，从此走向安定。但结果却又是事与愿违，刘协又一次失败了，而且是彻底地失败了！
经过几年的颠沛流离，刘协似乎也明白了一个道理：作为皇帝，就算是有名无实，但却始终是国家最高权力的象征，既然有那么多人在打自己的主意，那自己也要好好地利用这个有利条件，不再重蹈覆辙，完成作为一个皇帝所要完成的职责。因此，刘协看中了曹操，立即授给曹操节钺，录尚书事，司隶校尉，迁都许昌后，又任命他为大将军，准备借助曹操的力量实现自己的愿望。在这其间，刘协少年睿智的名声，也逐渐为当时众人所公认。建安元年(196年)，孙策写给劝谏袁术的书信中就提到刘协“明智聪敏，有夙成之德”，虽说是溢美之词，但也证明刘协的确是很聪颖的。《后汉书·荀悦传》中也记载：“献帝颇好文学，悦与（荀）彧及少府孔融侍讲禁中，旦夕谈论。”不过一代奸雄曹操所需要的却不是这些。老奸巨猾的曹操根本就没有想过如何帮助刘协光复汉室，只是想利用他来达到自己的政治目的。随着曹操地盘的不断扩大、权力的不断稳定，曹操逐渐开始铲除异己，集权于一身。对此，刘协是有所察觉的，也是不甘心的，他采取了一系列相应的反抗行动。刘协曾气愤地对曹操说：“你若要辅助我，就要宽厚一些；否则，你就开恩把我抛开罢。”说得曹操大惊失色，匆匆告辞，从此不再朝见献帝。建安四年（199年），刘协任命自己的岳父董承为车骑将军，借以牵制曹操。刘协又秘密写下衣带诏赐给董承，要董承联络忠于汉室的大臣、诸侯，共同铲除曹操。刘协的这一次冒险，反映出他还是很有头脑和见地的。不幸的是，刘协的种种努力都因为计划泄露而告失败。建安五年（200年），曹操处死了参与计划的董承、吴子兰、种辑等人，并夷灭三族。刘协的贵人董氏也因为受到其父董承的牵连而被害。当时董贵人怀有身孕，刘协虽然极力保护，但最终未能幸免。刘协的失败，宣告了自己恢复皇权愿望的彻底破灭。曹操借此加强了对刘协的控制，“左右侍卫莫非曹氏之人者”。这时的汉献帝刘协已经完完全全成了一个傀儡。建安十九年（214年），伏皇后又因早年写给父亲的信中提及曹操的残暴，要其父设法除掉曹操，被曹操发觉，结果伏皇后及其两个儿子和伏氏宗族一百多人被处死，曹操又把自己的女儿立为皇后。这样一来，刘协不但孩子没了，就连枕边人都没有保住。可以想象这时的刘协的心里一定是在滴血。难怪他在与伏皇后道别的时候悲痛地说出连自己都不知道能活到什么时候之类的话。巨痛之下，刘协绝望了。从此，他不再心存什么恢复皇权之类的空话了。幸好他与那位曹皇后的关系还算是融洽，这多少给了刘协一丝安慰。这位曹皇后虽然是曹操的女儿，但也算是嫁夫随夫，在曹丕篡汉时与刘协保持了高度一致，公然大骂其兄犯上作乱。气得在场的曹休表示：如果她不是先王之女，必一剑杀之。
建安二十五年(220年)，曹操病故，曹丕袭爵魏王。这时的刘协做了一个很奇怪的举动，改建安二十五年为延康元年。这可能是刘协再一次错误估计了形势而做出的特别之举。也许他认为曹操一死，自己就有机会恢复皇权亲政了，所以特意改换年号。不过他这最后的希望很快就破灭了。同年，华歆、贾诩、王朗、李伏等众多曹魏的亲信大臣，在曹丕的授意下，直闯汉献帝的寝宫，威逼刘协逊位。刘协终于醒悟了，他担心了几十年、一直害怕出现的厄运降临了。刘协不禁全然不顾皇帝的仪态，失声大哭，黯然退入后殿，闭门不出。曹皇后见此情景，按捺不住对丈夫的同情，挺身而出，痛责众人，才暂时给刘协解了围。但不久汉献帝刘协终于还是在曹丕的逼迫下于当年十月禅位于曹丕。不过，曹丕倒也像其父曹操一样，没有加害刘协，封其为山阳公，允许他在其封地使用汉天子礼乐，建汉宗庙以奉汉祀。随着汉献帝刘协的退位，在中国统治了近二百年的东汉王朝也随之结束了。
魏青龙二年(234年)，献帝病故，终年五十四岁。以汉天子礼仪葬于禅陵，谥号为孝献皇帝。
终其一生，汉献帝刘协始终是个悲剧人物，虽少年睿智，但一生被人玩弄于股掌之间，无法施展。虽有心回天，但先人留给他的实在是个烂摊子，凭一己之力根本无法阻挡历史的滚滚车轮。可悲！可叹！
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