分歧有很多种，不同派别有不同的分歧。主要分歧有：是否发生过、人数、经历时间、区域范围、具体事件等。“2010年1月30日，中日共同历史研究中方委员会在北京公布了《中日共同历史研究报告》，分中方报告书和日方报告书两册。报告书上的论文由双方委员各自撰写，体现的是作者本人的观点。报告书显示，中日已就南京大屠杀的定性问题取得共识，中日战争的性质为侵略战争，南京大屠杀为大规模反人道屠杀。但对于南京大屠杀人数，中方坚持认为“牺牲者为30万人”，寸步不让，日本因为“有从数万人到20万人的各种各样见解”，所以将两种结论并列记录。虽然死亡人数没有达成一致，但中日学者都引用了两组数据：远东国际军事法庭认定是20万人以上，南京国防部军事法庭认定是30余万人。
中国学术界对于南京大屠杀的研究是从上世纪80年代初才真正开始。研究材料包括档案、文献类、口述历史资料。上世纪90年代，中国有关南京大屠杀史料搜集工作取得了突破性的进展。其中最具重大影响的是一批当时留在南京的西方人士的日记、书信等文献资料的发现，如《拉贝日记》、《天理难容：美国传教士眼中的南京大屠杀(1937年—1938年)》。进入本世纪以来，南京大屠杀史料搜集整理工作取得了巨大进展。《南京大屠杀史料集》于2005年开始陆续结集出版，目前已出版55卷，约3000万字。该书的出版将会极大地推动南京大屠杀史的深入研究。日本国内围绕南京大屠杀真实性的争论始于上世纪70年代初。
到了上世纪80年代，随着日本历史教科书问题的激化，南京大屠杀很快成为日本社会各界争论的焦点，形成了承认南京大屠杀的“肯定派”和否认南京大屠杀的“否定派”。此外，还有介于两者之间的中间派。“肯定派”大都具有历史学专业的背景，理性和学术性较强。1984年，以洞富雄、藤原彰等人为首成立了“南京事件调查研究会”，至今每年仍定期举办多次研讨活动，持续不断地整理出版史料和学术专著，成果丰硕。“否定派”成员主要以社会活动家和政治家为主。为了否认南京大屠杀，他们常常从史料中断章取义，或只选择对己有用的史料，而无视反证的史料，或对反证史料进行曲解。关于南京大屠杀的时空概念，中国学界与日本的“肯定派”和“否定派”存在不少对立和分歧。
在南京大屠杀研究中，厘清南京大屠杀的时空概念显得十分重要，因为这个问题直接关联到南京大屠杀的规模。中国学者近几年来认为南京大屠杀的上限时间应该定位1937年12月上旬，以日军进入南京地域范围为起点，下限时间应为1938年3月。在地域范围方面，有学者认为考虑到暴行的时间相同、施暴部队相同、发生地点邻近等各方面的因素，“似以在南京市区12个行政区的基础上，外延至与市区直接相邻的江宁、江浦、六合为宜”。但大多学者在研究南京大屠杀时，还是以当时南京特别市的辖区(即7个城区和5个乡区)为讨论的基点。日本方面，“肯定派”以笠原十九司为代表，认为南京大屠杀时间上限为日本大本营下达攻略南京命令、中支那方面军进入南京战区的12月4日；下限应为1938年3月28日“中华民国维新政府”成立。他认为尽管南京攻略战结束的日期是1938年2月14日，但南京日军的残虐行为仍在继续。关于区域范围，他认为应包括南京特别市行政区域及其周边6个县(江浦、六合、江宁、句容、溧水、高淳)。目前，尚未发现“否定派”方面的专门论述，一般他们将“南京”的概念限定在南京城内(甚至将南京城区同南京安全区混淆)。由于他们一般不承认南京大屠杀，所以更少明确大屠杀的时间概念。在南京大屠杀的研究中，南京大屠杀的遇难者人数争论最为激烈。中国方面认为被杀害人数30万这个数字既是一个约数，又是一定意义上的确数。在日本，对于南京大屠杀的死亡人数却有不同的看法。南京大屠杀死亡人数从无限接近于零到10多万、20万、30万人以上，其数字悬殊如此巨大，这在历史学研究中可能是亘古未有的。探讨南京大屠杀的原因对历史学者来说并非一件容易的事情。不过，近几年来，随着学者们研究的不断深化，对南京大屠杀的成因有了更多的历史解释。中国和日本学者在分析南京大屠杀原因时各有侧重。
中国学者认为南京大屠杀是由日本侵略者的本性决定的，是必然会发生的。日本“肯定派”学者认为南京大屠杀是日军官兵有组织的行为。“否定派”不承认有南京大屠杀的事实，也就谈不上大屠杀的原因。有关南京大屠杀的史料中日学界的选择也各有不同。中国学界运用的材料主要包括南京大屠杀亲历者回忆、慈善团体的救济报告和埋尸记录、抗战胜利后的社会调查统计、南京国防部军事法庭南京大屠杀案审判资料。从上世纪80年代开始，日本国内“否定派”围绕南京大屠杀部分史料的真实性问题不断提出质疑和批判。“否定派”经常篡改原始史料以遮人耳目，对敢于正视历史、公布历史真相的老兵进行无情攻击。另外，他们对一些证据确凿的史料，则通过各种方式试图论证其不可能，甚至通过法庭诉讼的方法来施加压力。最为明显的例子便是“百人斩”报道。“否定派”对第三国有关南京大屠杀的史料也不遗余力地进行攻击。但历史是无法篡改的。日本的“否定派”不承认南京大屠杀的事实，也遭到了中国学界和日本国内“肯定派”的揭露与批驳。”
不只是大屠杀，对整个战争的认知都有分歧。其实很多日本人所谓的反思侵华战争，是指的反思七七事变以来的全面侵华行动，认为这是军部下克上的行为，不小心玩大了。很多日本人对九一八及其之前的侵华史是没有认知的。进而幻想如果当年牢牢控制住满洲，既东三省作为资源供应地，不与国府大打出手逼得国际社会不得不介入，历史又会是另一番样子。日本人对满洲的控制，是阶段性取得的，速度很慢，慢到日本人都忘了这些地方是侵略所得的了。
1905年日俄战争打完了，战后签订朴茨茅斯和约，对于战后势力划分展开谈判。朴茨茅斯和约签订之后，日本取代了俄国，成为其在大陆上利益范围的接管人，这块区域一般泛指辽东半岛和满洲地区南部。这是日本近代第一次把楔子插进大陆腹地，也为后来开始着手吞并整个中国大陆埋下了伏笔。所以可以说，日本在中国取得的第一块大面积的土地，不是日本人自己从中国人那里打下来的，而是从毛子手里打下来了。从毛子手里把它抢的黑货据为己有，跟自己直接去从中国手里抢夺土地，这个负罪感实在低多了。就这样，毛子一经手，日本人已经忘了这块土地是中国的了。而由于开疆之战的敌手不是中国人而是俄国人，所以日本当时对所占据的辽东半岛和南满并无多少正确的概念。这一点，我可以用李云龙抢楚云飞的货那一段来解释，谢宝庆抢了楚云飞的货，孔捷追上谢宝庆抢回了货，然后李云龙又抢了孔捷的货，然后李云龙就宣称这批货跟楚云飞没关系了！虽然很扯，但是当时的日本人在满洲和辽东半岛问题上，一直就不把中国作为一方考虑进去，老百姓也自然不把其视为对中国的侵犯一战时期日本破天荒的站队站对了。
作为英国盟国，日本在远东地区对德国作战，获胜后理所当然把德国所盘踞的青岛，乃至山东全部接管。当然，用的自然还是李云龙抢楚云飞货的那个逻辑。就这样，在没有挑起全面战争的前提下，日本人从中国取得了辽阔的土地，用温水煮青蛙的方式避免了国际社会的强烈反应。要知道，截止到这个时间点，我们的先总统空一格同志可还没对日宣战呢。按照石原莞尔的设想，见好就收，国际社会会睁一只眼闭一只眼，用一贯的绥靖政策来跟日本讨价还价，日本可以用部分承认英美在远东的利益扩张，来换得英美的中立或支持。进而走上人生巅峰。
跟纳粹德国的种族灭绝行为相比，南京大屠杀更类似于早期蒙古军队的屠城行为，也就是有意识地打击对方士气的行为多于灭绝种族的意图，所以从某种角度上，日本军人自己并不像至少是很多德国国防军军官在战后所表示的那样反感对平民的屠杀行为。那么就产生了两个问题：大部分从事屠杀行为的个人都是日本军人，而且由于大部分参与屠杀的都是日军的主力师团，发生的时间也是战争前期，活下来的日军数量就没有多到能在日本产生重大影响的情况；众所周知，日军确实也是一只特别诡异的军队，从抓日本俘虏的难度到冲绳战役中强迫、蛊惑平民自杀的行为，使得在当时的语境下，日军本身也没有如今天的人一样尊重敌方平民的情况。这就是日本在对待战争过程中为自己狡辩，导致中国与日本的分歧不断拉大。
