转基因食品是有危害的，具体表现有以下几点：
1，转基因食品有农药：因为转基因种子一般都是抗虫性的，这使得在其周围的杂草也会有抗虫性，因此我们需要使用更多的农药来杀死杂草，因此转基因食品也会经历大量农药的洗礼，最后这些食物被我们吃了。
2、转基因食品有未知毒素：转基因种子和食品可能含有未知的毒素，也可能会引起人们过敏。1989年生产的左旋色氨酸添加剂就造成了37人死亡，添加剂中的细菌经过了基因重组，使得添加剂中产生了新的有毒氨基酸。许多食品生物本身就能产生大量的毒性物质和营养因子，如蛋白质抑制剂、溶血栓、神经毒素等以抵抗病原菌和害虫的入侵。现有食品中毒素含量并不一定会引起毒效应，但是转基因食物可能产生各种毒性。
3，转基因食品植物雌激素含量增多：草甘膦的使用能提高农作物的抗草性，但也导致农作物体内植物雌激素含量的增多。植物雌激素会对包括人类在类的所有哺乳动物产生危害，儿童极易受到高含量植物雌激素的影响，其会产生危险，并带来长期的健康危害。
转基因食品是利用现代分子生物技术，将某些生物的基因转移到其他物种中去，改造生物的遗传物质，使其在形状、营养品质、消费品质等方面向人们所需要的目标转变。[1]也就是以转基因生物为直接食品或为原料加工生产的食品就是“转基因食品”。
从世界上最早的转基因作物1983年诞生起，到美国孟山都公司转基因食品研制的延熟保鲜转基因西红柿1994年在美国批准上市为止，转基因食品的研发迅猛发展，产品品种及产量也成倍增长，转基因作为一种新兴的生物技术手段，它的不成熟和不确定性，使得转基因食品的安全性成为人们关注的焦点。
截至2013年，从事转基因动、植物研究开发的国家制定了相应的政策与法规以保障转基因食品的安全。例如美国已建立了健全的从事食品安全与环境检测的管理机构和严格的安全标准，对转基因动、植物的研究、开发、试验、生产进行严格的管理和有效的控制，每一种转基因生物在进行释放环境试验和转入商品生产之前，都要对其生物本身以及生产过程的安全性、风险性进行评估审查，通过其相关标淮后才予以批准。
为了统一评价转基因食品安全性的标准，联合国粮农组织和世界卫生组织所属的国际食品规定委员会也已决定制定转基因食品的国际安全标准。中国先由原国家科学技术委员会制定了《基因工程安全管理办法》，随后农业部在此基础上制定了《农业基因工程安全管理实施办法》，并同时成立了农业生物工程安全委员会，以负责全国农业生物遗传工程体的安全性审批。
转基因食品因为培育体系还没有十分的完善，导致存在一些转基因产品营养价值低，降低人体的一些抗过敏能力，甚至会破坏生态圈的平衡。
抗生素的抵抗作用，基因技术采用耐抗菌素基因来标识转基因化的农作物，在基因食物进入人体后可能会影响抗生素对人体的药效，作物中的突变基因可能会导致新的疾病的产生。
过敏反应，转基因技术中的蛋白质转移可能会引起人体对原本不过敏的食物产生过敏，分割重组后的新的蛋白质性状是否完全符合我们设想的需求有待考证。
营养问题，转基因食品的营养成分较非转基因食品有所减少。英国伦理和毒性中心的试验报告说，转基因食品中对人体有益的成份减少了12%至14%。
毒性问题，基因的人工提炼和添加，有可能增加和积聚食物中原有的微量毒素，不可预见的生物突变.甚至会使原来的毒素水平提高，或产生新的毒素。
生态环境问题，对于生态系统而言，转基因食品是对特定物种进行干预，人为使之在生存环境中获得竞争优势，这必将使自然生存法则时效性破坏，引起生态平衡的变化，且基因化的生物、细菌、病毒等进入环境，保存或恢复是不可能的，其较化学或核污染严重，危害更是不可逆转。
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