1937年2月9日，一架美国联合航空道格拉斯DC-3型飞机在降落过程中在机场附近坠毁，导致机上的9名乘客和2名机组人员全部遇难。
1951年9月12日，一架美国联合航空航班号为7030的波音377型飞机在降落过程中坠毁，由于在进行飞行训练未搭载乘客，事故造成3名机组人员遇难。
1953年10月29日，一架英联邦太平洋航空公司的道格拉斯DC-6型飞机在接近机场时在圣马特奥县的山区中坠毁，机上的8名机组人员和11名乘客全部遇难。
1959年2月20日，一架泛美航空DC-7C飞机在机场跑道上坠毁并起火燃烧，机上的3名机组人员无人遇难。
1963年2月3日，一架Slick Airways的洛克希德L-1049H飞机在28L跑道上坠毁，机上8人中有4人遇难。
1964年12月24日，一架飞虎航空的洛克希德L-1049H货机在旧金山国际机场28L跑道起飞后3分钟后于圣马特奥县坠毁，机上3名机组成员全部遇难。
1968年11月22日，一架日本航空航班号为2的DC-8型客机从日本东京起飞，在天气条件不佳的情况下降落在旧金山湾的浅滩上，机上107人全部在事故中幸存。
1971年7月30日，一架泛美航空公司航班号为845的波音747客机计划从洛杉矶飞往东京，在经停旧金山后准备起飞时，撞上了跑到末端的进场照明系统，随后飞机由于起落架损坏而迫降。飞机上共有218名乘客，除了两名乘客严重受伤外，没有造成其他伤亡。
1972年9月13日，一架环球航空航班号为604的波音707货机在起飞时坠毁于旧金山湾，机上3名机组成员无人遇难。
1985年2月19日，一架中华航空航班号为006的波音747飞机计划从台北起飞前往洛杉矶，飞行途中飞机不断翻滚并下坠了9000米，最后飞行员控制住了飞机并将其降落在旧金山国际机场。
2008年6月28日，一架ABX航空公司的波音767货机在起飞过程中起火，机上的两名机组人员安全逃生，但飞机损坏严重。
2013年7月6日，一架韩亚航空航班号为214的波音777-200ER客机（编号为HL7742）从仁川国际机场起飞，在降落时机尾撞到堤坝随后冲出跑道并起火。 机上的307人中共有乘客291人，其中141名中国乘客，77名韩国乘客以及64名美国乘客。事故共造成3名中国学生不幸遇难，181人受伤。 （参见韩亚航空214航班事故）
