要回答这个问题，首先就需要把问题拆开来看，也就是对“厉害”二字的指向。
比如说：如果问题是清代八旗中最厉害的是哪旗？这里的厉害指的是战斗力的话。
正如答主宸言旧事所说，从严格上讲清代八旗兵并没有出现过单一某旗作战的情形，不管是任何一次战争。也就说通常情况下都八旗军每旗下每佐领抽丁若干共同执行任务，或者以左右翼的形式出征（左翼镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗；右翼正黄旗、正红旗、镶红旗、镶蓝旗），所以很难以量化的角度去区分哪一个旗战斗力最高。
但是就好比你问明中后期浙兵中最厉害的是义乌兵还是浙江其他地方军，虽然这个没法回答，因为并没有单一地方部队作战的情况。但是浙兵中承担主要冲锋任务的还是原戚家军中的义乌兵，而八旗中自然由皇帝亲领的上三旗（正黄旗，镶黄旗，正白旗）理论上而言更为优秀，相对而言自然同时也占有更多的资源。可非要具体哪一旗更加厉害，那就没有答案了。
再如果问题中的“厉害”所指的是地位上，政治上的尊贵。那么应该是镶黄旗。
这里首先要强调一点是，八旗并没有尊卑之分，他们之间的地位相对而言是平等的，并没有我们相信说像印度种族姓氏那样泾渭分明，不可逾越。但实际上三旗，还是比下五旗更加尊贵的，而上三旗中最尊贵的就是镶黄旗。
在满八旗成立之初，镶黄旗就是努尔哈赤的亲军，之后在分配中也给自己的贴身侍卫里面留了15个镶黄旗佐领的名额，所以镶黄旗也称为头旗。而且不管是满族皇后人数，贵族人数，大臣人数，将领人数，镶黄旗都占有绝对的优势，也就是说从政治到经济到武力总额，镶黄旗都是毫无争议的八旗第一。更有说服力的是清朝皇帝都有个称谓，叫做镶黄旗佐领上，也就是说虽然理论上皇帝不属于任何一旗，但是他都会把自己默认归到镶黄旗下，这就更加显得镶黄旗在满八旗中超然的地位。
顺带啰嗦一句，由于汉文化中“正”为中，“镶”为边，所以很多人误以为正黄旗才是满八旗中最为尊贵的一旗，常常开玩笑说我是正黄旗下谁谁谁，偷偷告诉大家一句，正黄旗确实是满八旗人数最多的一旗，但是他们都是皇帝和各顶级大臣的家丁，这才是正黄旗人数最多的原因。
一个国家，不管是贫还是富。其中国家的军事力量是重中之重。关系着国人的安全与民生，人们的安居乐业离不开军队的保护。
“自古征战几人回”战争的开始，就意味着死亡，黎明苍生也遭受各种苦难和摧残。
战争
“全民皆兵”的故事在我国历史上时有发生，清朝作为我国历史王朝中的最后一个，因国民的需要，它们在各种生产劳动中产生了一个国家基本制度“民是兵，兵又是民。全民皆兵”，其称为“八旗”。八旗制度牵动着清朝经济和军事力量，它的存在和王朝命运荣辱与共。
那么何为八旗制度？我们来了解一下：
可汗努尔哈赤
（1）八旗起源
清朝是满洲人的天下，他们最初有一个族落叫做“女真”，常以狩猎为生，狩猎时因各种猛兽凶悍，需多人结伴而行。
后因人数的增多需要统一指挥，指挥的首领被称为牛录额真。与此同时在遇到战乱的时候，他们也通过牛录额真统领的方式进行规模化的作战，为了便于管理，他们以旗帜作为标识，形成以旗带人，旗在人在的特点。
满族杰出的“政治家”“军事家”努尔哈赤，在统一女真各部落的基础上进行了对牛录组织的整顿编制形成规范。
八旗旗帜与对应的服装
（2）四旗分八旗
在满人中，他们把这种多人集体称为牛录。在各种作战和经历当中，这样的形式变成了一个有军事能力的组织。
大约在明万历二十一年，努尔哈赤对牛录进行了分编：300人为一牛录，5牛录为一甲喇，5甲喇为一旗，形成了黄旗，白旗，红旗，蓝旗四旗纯色旗帜。
明万历四十三年，由于疆土扩大，军队民众的数量增多，为更细致的管理旗帜组织。努尔哈赤又将原四旗的基础上增有镶黄，镶白，镶红，镶蓝四旗，八旗形成。
八旗领头
（3）八旗的管理
八旗形成后，在整个管理中形成一种制度，称为“八旗制度”。制度具有活动性，人们群体中，丁壮青年遇有战乱时皆为兵，在安乐生活中化为平民。这种草木皆兵的体系，士兵可以休养生息，使得当时的军队具有极强的战斗力。八旗统治着各族人民分有:八旗满洲，八旗蒙古，八旗汉军，逐渐臻于完善。
（4）八旗的等级之分
入关前，八旗中正黄和镶黄两期由皇帝直接统领，其他六旗由皇帝的子侄统领。入关以后八旗分有上三旗和下五旗。
八旗子弟中在各种战斗中有表现突出者均可得到封赏和奖励。他们有的人授予官衔，有的人奖励金银财宝，有的人子孙后代远袭上辈官职，因此待遇旗内人也产生了贵族等级之分。
八旗军人的着装
（5）“八旗”如水能载舟亦能覆舟
八旗人在各种作战生产中产生了许多积极的影响，人们在生产劳动中，生产力得到快速提高，军事力量也逐渐强大。但在清朝中有被编入八旗的旗人，也有不在旗内的民众。他们地位差异，让很多人也受到了不公平的对待。
朝廷中采取了许多措施如“圈地”圈占不在旗内百姓的良田。特许旗人免除其赋税和劳役，使得旗人内的子弟们“死于安乐之中”出现生活中的种种困境。社会变得混乱起来，国家经济开始倒退，民族团结出现缺口甚至造成国家的灭亡。
清朝经济情况地图
当然一个“八旗制度”牵引着国家的经济与命脉，不是短短只言片语可以谈得尽说得完。但其影响我们不得不了解。
由此可见任何事物的本身都具有两面性，人们应该合理的看清其弊利。“择其善者而从之，其不善者而改之。”
八旗的军事组织制度是由满族的首领努尔哈赤所制定。努尔哈赤起初将自己的军队分编为四旗，各旗以纯色作区分，分别是：黄、红、蓝、白的正四旗。随军队壮大，四年后又增设四旗，并在原纯色周围嵌上其它颜色，称为镶黄、镶红、镶蓝、镶白，合称八旗满洲。满人靠着这军事组织制度，于1644年乘明朝内乱入关，赶走刚刚取代明朝的大顺政权，并继续南下征服原属明朝的领土。正白、正黄、镶黄为“上三旗”（亦称内府三旗），隶属亲军，其中正黄旗旗主由满清皇帝兼任，其余五旗为“下五旗”。
日本学者中山八郎认为，“八旗成立当时是五、六万乃至十万内外；入关前后的兵力为二十五万。”成分很复杂，旗人里面有女真、蒙古、汉、赫哲、鄂温克甚至还有俄罗斯人。旗人制度本身是一种奴隶制，下层旗人是上层王公的奴隶，王公贵族又是皇帝的奴仆。八旗军队就是皇帝的近卫军。那么问题来了，八旗军，哪旗最厉害呢？当然是皇帝所在的旗最厉害，皇帝会把最精锐的军事力量聚集到自己掌管的旗下。所以说，清代八旗最厉害的旗是当初努尔哈赤直接统领的正黄旗、镶黄旗。
“八旗”制度建立初期，努尔哈赤是两黄旗（正黄旗和镶黄旗）的统领者。剩余六旗由努尔哈赤的子孙和臣子分别统领，即使当时代善（努尔哈赤次子）也统领着两红旗，但是其地位和实力与两黄旗差距甚大。因此，两黄旗在建立初期实力和地位最高。此外，两黄旗成为实力最强队伍的另一个原因可能是因为“黄色”在明清时期是专有的“贵族颜色”，只有皇家才可以使用。努尔哈赤去世后，各个“旗主”都有了不少的变化，其中影响最为长远的当属皇太极，成为了“两黄旗”的带领者。这个变化有力的提高了皇太极的地位，为其以后掌握清王朝大权铺平了道路。
皇太极去世后，顺治帝继位。八旗经过多次易主和发展，双白旗的地位已经取代两黄旗，成为八旗中实力和政治地位最高的队伍。当时多尔衮为摄政王，掌握着两白一蓝三旗，权倾朝野。顺治七年，多尔衮意外去世。顺治掌握实权，他将原有实力较为强大的两黄旗与后来居上的正白旗一并封为“上三旗”其余的则为“下五旗”。这样一来，“上三旗”成了八旗中的老大。在康熙年间，四位辅政大臣全部都来自于“上三旗”，足可见其在清朝中的重要地位。
一个国家，不管是贫还是富。其中国家的军事力量是重中之重。关系着国人的安全与民生，人们的安居乐业离不开军队的保护。
“自古征战几人回”战争的开始，就意味着死亡，黎明苍生也遭受各种苦难和摧残。
战争
“全民皆兵”的故事在我国历史上时有发生，清朝作为我国历史王朝中的最后一个，因国民的需要，它们在各种生产劳动中产生了一个国家基本制度“民是兵，兵又是民。全民皆兵”，其称为“八旗”。八旗制度牵动着清朝经济和军事力量，它的存在和王朝命运荣辱与共。
可汗努尔哈赤
清朝是满洲人的天下，他们最初有一个族落叫做“女真”，常以狩猎为生，狩猎时因各种猛兽凶悍，需多人结伴而行。
后因人数的增多需要统一指挥，指挥的首领被称为牛录额真。与此同时在遇到战乱的时候，他们也通过牛录额真统领的方式进行规模化的作战，为了便于管理，他们以旗帜作为标识，形成以旗带人，旗在人在的特点。
满族杰出的“政治家”“军事家”努尔哈赤，在统一女真各部落的基础上进行了对牛录组织的整顿编制形成规范。
八旗旗帜与对应的服装
大约在明万历二十一年，努尔哈赤对牛录进行了分编：300人为一牛录，5牛录为一甲喇，5甲喇为一旗，形成了黄旗，白旗，红旗，蓝旗四旗纯色旗帜。
明万历四十三年，由于疆土扩大，军队民众的数量增多，为更细致的管理旗帜组织。努尔哈赤又将原四旗的基础上增有镶黄，镶白，镶红，镶蓝四旗，八旗形成。
入关前，八旗中正黄和镶黄两期由皇帝直接统领，其他六旗由皇帝的子侄统领。入关以后八旗分有上三旗和下五旗。
八旗子弟中在各种战斗中有表现突出者均可得到封赏和奖励。他们有的人授予官衔，有的人奖励金银财宝，有的人子孙后代远袭上辈官职，因此待遇旗内人也产生了贵族等级之分。
八旗军人的着装
当然一个“八旗制度”牵引着国家的经济与命脉，不是短短只言片语可以谈得尽说得完。但其影响我们不得不了解。
由此可见任何事物的本身都具有两面性，人们应该合理的看清其弊利。“择其善者而从之，其不善者而改之。”
八旗制度早期，各旗独立性较强，是存在明显强弱之分的，最初是老四旗（正黄、正白、正蓝、正红）强，新四旗（四个镶边旗）弱，努尔哈赤去世时较强的是正白（皇太极）、正红（代善）、正蓝（莽古尔泰），皇太极即位后经过一番调整，最强的旗是正黄、镶黄（都是皇太极自带，但镶黄弱于正黄）、正蓝（皇太极长子豪格），顺治初年皇权较弱，最强的旗是多尔衮、多铎兄弟统领的两白旗和正蓝旗，多尔衮死后顺治大力加强皇权，八旗中最强的变成天子自领的正黄、镶黄、正白三旗，此后直到乾隆朝八旗京营、驻防体制不断改变，旗主地位被削弱，上三旗和下五旗其实都是皇帝统领。
不论京城的骁骑营、健锐营之类还是各地驻防，都是从八旗中抽调人员重新混编，编织成新的作战单位，八旗日益成为一个“户口组织”，也就谈不上谁强谁弱，甚至就算只看地位也看不清楚（比如广州驻防八旗中，上三旗的地位远低于下五旗，因为前者是原先尚可喜藩兵改编的）了。
客观上讲，清代八旗兵应该是没有出现过单一某旗作战的情形，一般都是每旗下每佐领抽丁若干共同执行任务，或者以左右翼的形式出征（左翼镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗；右翼正黄旗、正红旗、镶红旗、镶蓝旗），所以很难以量化的角度去区分哪一个旗战斗力最高。
不过，如果从围底、围肩、围两头的战斗序列来考察，似乎两蓝旗因处于形成合围的位置，相对而言要更辛苦些。但是，如果从优异者得充禁卫的角度去分析，那作为皇帝亲领的上三旗又似乎应该是最优秀的。
此外，八旗军在实际作战中又有前锋营、护军营、骁骑营等别。例如圆明园三营等，也都往往以营为单位而非以旗为单位。因此综上所述，个人认为实在不好为八旗单一旗色的战斗力做以排序。