燕王朱棣叛乱，攻下南京取得胜利之后，建文帝的下落至今仍没有定论。不管是被焚而死，还是为了避难乔装成和尚，建文帝的结局都是很凄惨的。为了实行报复，永乐时期的官方历史掩盖了建文的年号，人为地把明太祖朱元璋的统治时期延长了4年，即从洪武三十二年延长到了洪武三十五年：这段时期曾被称之为“革除年”。
朱棣上台以后，重新修订了《明太祖实录》，并且消除所有有关朱允炆的文字记载。也正是由于官方文字的缺失，才导致后来民间的不同记录和坊间的各种传闻盛行。而随着传闻的多样化和时间的流逝，让建文帝朱允炆的最终下落，成为了至今难解的谜题。
明建文帝的行踪之谜，自明成祖登上皇位的那一天起就一直众说纷纭。几百年来多少学者殚精竭虑，也没能把这个问题搞清楚，或说至今还没有一个结论足以说服大家，可以被大部分人认可。
建文帝执政，是在洪武年间的霜锋雪剑的严酷之后，如同阳春煦日温暖人间。因此，建文4年的统治，被明代人形容为“四载宽政解严霜”，对之称颂有加。建文年间，社会安定，民风淳厚，一时士大夫崇尚礼义，百姓安于生业，家给人足，外户不阖，路不拾遗，很少有人犯法。
因此，朱棣发动“靖难之役”，攻入南京：“燕师至日，哭声震天，而诸臣或死或遁，几空朝署。盖不幸自古失国者，未有得臣民之心若此者矣。”一个国君的失败，举国哀号，京城空遁，足见民心依归之所在。
据明清官方史书观点，关于建文帝的下落主要有两种说法：“焚亡”说和“逃亡”说。在各种“逃亡”说中，流传最多的是“逃亡西南”说，即建文帝与随从打扮成和尚模样，趁夜逃出南京，逃亡西南地区，经历了40年的流亡生活。在明朝官方的史书中，关于一个人的记载透露出建文帝的下落踪迹。这个人叫胡濙，职位相当于内务秘书，朱棣派他专职寻找建文帝，这一找就找了20年，其间连他母亲去世也没有回家奔丧。
胡濙逗留在西南地区的时间最长，直到永乐二十一年的一个深夜，远征西北途中的明成祖朱棣已经睡觉，忽然内侍来通报，说胡濙前来进见。两人见面后彻夜长谈，朱棣的疑惑最后消失了。胡濙到底对朱棣说了什么？史书没有说明。有些人大胆猜测：秘密寻访20年，胡濙最终找到了朱允炆。见到朱棣后，向他转达了朱允炆的想法：20多年过去了，我也不争了，安心做你的皇帝吧。让我一个人继续活下去。
《明史》记载，明神宗皇帝曾经向内阁首辅张居正询问建文帝出亡事，张居正回答说：相传正统年间，于云南邮（驿所）墙壁上，有僧人题诗“流落江湖数十秋”之句。有官员询问他，他自称建文帝。之后召入宫中养之，后来不知所终。
从明永乐到万历年间，关于建文帝的话题一直是官方禁忌，史书尽量不提或者少提此事。但是，官修史书还是或多或少透露出建文帝出亡的踪迹。