从深层原因上来讲，当时多尔衮权势日重，而且有想取代顺治皇帝自己称帝的意图，为了保住顺治的皇位，孝庄最终决定下嫁给多尔衮。
孝庄太后的丈夫是黄太极。他的儿子是顺治皇帝，孙子是康熙皇帝。康熙皇帝年轻时登基时，她精心栽培康熙。据说她让他每天三点起床，五点看书。每天的阅读时间应在10小时以上。可以说，孝庄太后是康熙成长道路上最重要的人物。她一方面坚定支持康熙的政治权力，另一方面帮助康熙扫除皇权道路上的障碍，比如铲除敖白势力，让康熙掌握实权，这也是康熙和她感情深厚的重要原因。1687年12月15日，孝庄太后病逝。据史料记载，临终时，她对康熙说：“太宗文帝供奉已久，现在不方便安葬。如果你没有坟墓，你就不能不动员人民。这不是合葬的意思。我爱你们父子。
我不忍心离开。我得在遵化定居。我不后悔。”也就是说，她死后不想和黄太极同葬，而是葬在儿子顺治皇帝的陵墓附近。清朝《祖传戒律》中规定，皇后死后，应随同丈夫下葬。因此，面对孝庄太后的要求，康熙皇帝似乎忧心忡忡，不知如何抉择。因此，孝庄子宫一直放在顺治孝陵的一侧，这在康熙年间是无法解决的。直到1725年，昭西陵才建成。那么，孝庄太后为什么不愿意和黄太极一起下葬呢？学术界有不同的看法。虽然《史记》记载的原因是孝庄太后担心黄太极埋得太久，不想再被打扰，但这种说法显然不够令人信服。另外，对其他两种理论也有不同的看法。一是孝庄太后对黄太极没有感情。黄太极在世时，姐姐陈飞海兰珠是小庄的妹妹。
她比小庄大4岁，入宫时间比小庄晚9年。研究人员认为，海兰珠很有可能在入宫前就有过一段婚姻。但即便如此，海兰珠的到来还是把皇太极的所有恩惠都给了后宫，小庄也不可避免地被排除在外。崇德二年（1637年）七月八日，海兰珠生了一个儿子。黄太极不仅在崇祯殿举行了盛大的庆典，还指定初生婴儿为皇帝的继承人。仅仅几年后，太子和海兰珠就去世了，给黄太极造成了很大的打击。陈飞去世不到两年，黄太极就去世了。另一种说法是，小庄曾与多尔根结过两次婚，所以他认为自己不是无辜的，没有脸和黄太极一起下葬。官方史书中没有关于孝庄太后嫁妆的记载。只有在非官方的历史中才能看到。不过，孝庄太后嫁下来还是有可能的。有学者认为，结婚的时间是顺治五年（1648年）10月左右，主要是因为多尔根的称谓由“叔叔”改为“父亲”。
