清溪镇是广东省东莞市辖镇，所以清溪镇属于东莞市，不属于哪个区。
1952年9月，设立东莞县第七区人民政府（包括清溪、樟石乡），隶属东莞县。
1954年6月，清溪从第七区析出，成立清溪区人民政府，仍属东莞县。
1958年4月，撤区并乡，成立清溪乡人民政府，仍属东莞县。
1985年09月，国务院批准撤销东莞县，设立东莞市，清溪属东莞市。
1987年5月，撒区建镇，成立清溪镇人民政府，清溪仍属东莞市。
清溪镇位于广东省东莞市东南部、深莞惠三市几何中心，与深圳、惠州两市接壤，处于深莞惠半小时经济圈。东邻惠州市淡水镇，南接凤岗镇，距深圳蛇口深水港码头40公里，距深圳国际机场45公里，西南与西面分别与塘厦镇、樟木头镇相连，距虎门镇太平港50公里，距广州市中心100公里，北面与谢岗镇以银瓶山系为界。
清溪镇地势东北高西南低，四周环山、峰峦起伏，中部属盆地型小平原。东北部于惠阳区交界处有海拔892米的银瓶嘴山。
清溪镇属于亚热带季风气候，长夏无冬，光照充足，热量丰富，气候温暖，温度变幅小，雨量充沛，干湿季明显。