一、科技专项资金一般应对有一个项目，项目一般为固定资产投资或者发明创造，就是无形资产中的知识产权，公司在做账时一定要把补贴款用完，不能有余额。
项目投资大于补贴款。该款项不能记为收入，可设一个XX专项资金应付款，用多栏式明细账，建二级帐。栏目中分为：项目材料款，项目管理费，项目差旅费等等有关项目的费用。
二、检查时提供多栏式明细账，凭证和开支票据，就可以了。政府补贴款因为需要专款专用所以需要设递延收益科目单独核算。
1、政府补贴款应是递延收益的核算范围，收到政府补贴时：
借：银行存款（其它应收款）
贷：递延收益
2、.如果用该资金购置设备、投入生产后集体折旧同正常的账务处理;
借：固定资产
贷：银行存款
借：制造费用（或管理费用）-折旧
贷：累计折旧
3、收益的分摊，递延收益应按该资产的使用年限，按月摊销。假如：政府补贴时100W，该资产的适应年限是10年，哪没每月摊销额;100W/10年/12月=8333.33元
借：递延收益 8333.33
贷：营业外收入-政府补贴 8333.33
4、如果用于研发支出，发生实际支出时，
借：管理费用
贷：银行存款
5、在研发期间确认相关费用时，按应给以补偿的金额
借：递延收益
贷：营业外收入-政府补贴
6、如果专项款未用完需要退返时，
借：递延收益
贷：银行存款
扩展资料：
2017 年5 月10 日 财会[2017]15 号《企业会计准则第16号——政府补助》的第二章《确认和计量》中
第八条 与资产相关的政府补助，应当冲减相关资产的账面价值或确认为递延收益。与资产相关的政府补助确认为递延收益的，应当在相关资产使用寿命内按照合理、系统的方法分期计入损益。按照名义金额计量的政府补助，直接计入当期损益。
相关资产在使用寿命结束前被出售、转让、报废或发生毁损的，应当将尚未分配的相关递延收益余额转入资产处置当期的损益。
第九条 与收益相关的政府补助，应当分情况按照以下规定进行会计处理：
（一）用于补偿企业以后期间的相关成本费用或损失的，确认为递延收益，并在确认相关成本费用或损失的期间，计入当期损益或冲减相关成本；
（二）用于补偿企业已发生的相关成本费用或损失的，直接计入当期损益或冲减相关成本。
第十条 对于同时包含与资产相关部分和与收益相关部分的政府补助，应当区分不同部分分别进行会计处理；难以区分的，应当整体归类为与收益相关的政府补助。
第十一条 与企业日常活动相关的政府补助，应当按照经济业务实质，计入其他收益或冲减相关成本费用。与企业日常活动无关的政府补助，应当计入营业外收支。
参考资料来源：百度百科-递延收益
如果用该资金购置设备、投入生产后集体折旧同正常的账务处理借：固定资产，贷：银行存款；借：制造费用（或管理费用）-折旧，贷：累计折旧；收益的分摊，递延收益应按该资产的使用年限，按月摊销。借：递延收益，贷：营业外收入-政府补贴；如果用于研发支出，发生实际支出时借：管理费用，贷：银行存款；在研发期间确认相关费用时，按应给以补偿的金额借：递延收益，贷：营业外收入-政府补贴；如果专项款未用完需要退返时借：递延收益，贷：银行存款。
政府补助收入是指民间非营利组织接受政府拨款或者政府机构给予的补助而取得的收入。而且，民间非营利组织的政府补助收入应当视相关资产提供者对资产的使用是否设置了限制，分为限定性收入和非限定性收入进行核算。与捐赠收入和会费收入一样，政府补助收入也属于非交换交易收入，因此政府补助收入和捐赠收入的会计处理基本上是一致的。
独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。
对本单位的生产经营活动或预算执行过程及其结果进行全面的、系统的会计核算。凡具有一定数额的资金，可对外办理结算，独立编制计划，单独计算盈亏的企业，一般都实行独立核算。实行独立核算的单位称为“独立核算单位”。独立核算单位通常单独设置会计机构，配备必要的会计人员，并具有完整的会计工作组织体系，包括所使用的会计科目、会计凭证和帐簿，应编制的会计报表以及进行分析和检查的方法与程序等。