岳麓书院作为私学，之所以取得社会公认的教育成就，因为它有一套逐步完善的、行之有效的教育教学体制。它在山长选拔、办学经费来源、生源选招、教育目标确立以及教学管理方面，都有一套成熟的制度和方法。
从经费来源来说，岳麓书院的教育经费主要靠租赁学田保证。1194年，朱熹为岳麓置学田333.3公顷，这是置办学田的开始。明代宣德年间，长沙宁乡任指挥佥事的周辛甫父子捐资修复岳麓书院，并置办道林寺田5.8公顷。
嘉靖时期，长沙知州王秉良扩建书院，并捐置学田1.2公顷。次年，孙存继任，个人又捐学田4.5公顷，并请政府增拨公田96.6公顷，书院财力已相当雄厚。之后，长沙知府季本大规模修整书院，自己捐赠学田6.8公顷，同知林华也捐学田3.3公顷，湘城第一次出现了大规模集资兴学的热潮。这一时期岳麓书院共有学田148.2公顷，其中私人捐助达22.2公顷，占15%。
除了学田收入外，岳麓书院办学经费的另一个来源是官府支持。比如在清雍正年间，清政府将岳麓书院等一批重点书院称之为“省城书院”，每个书院给予帑金1000两。
充足的教学经费为书院的师生提供了良好的就读环境和生活保障。根据史料记载，1763年，岳麓书院山长的年收入为白银465两，学生则享受政府全额奖学金，每年收入白银11两。
书院山长的人选也非常重要。山长即院长，是书院教学、行政的主持者。宋以后，书院大多沿用山长之名。从字义上讲，“山长”有山中长老的尊敬之义。因当时书院聘请掌教之人，大多是学行兼优、居山林而不做官的学人，加之书院多依山林、择胜地而建，故有此名。
主持书院的大多是地方名儒，有一定的学术造诣，是由书院自己聘任的，而不是由政府任命的。这体现了书院办学者一定程度的独立性。后来即便政府控制了书院的教师选聘权，在具体物色人选时仍要考虑其学术声望。
书院实行山长负责制，所谓“山长”就是校长，山长的道德、学识和社会名望都得是出类拔萃的，历任山长不仅治学严谨，而且管理有方。
岳麓书院在当时属于高等学府，入院生徒对经史有一定了解，赋诗作文已有一定基础，甚至还要通过一定的考试或推荐，才能选拨入学。“潭州三学”就反映了岳麓书院录取生徒的情况。
明代《岳麓志》记载：所谓“三学”，即指潭州州学、湘西书院、岳麓书院三位一体，分成3个等级。学生通过考试，以积分高下逐级安排升舍。官办的州学学生考试成绩优良者，可升湘西书院，最高者，方可升岳麓书院，在“三学”中，岳麓书院为最高学府。
起初，潭州太守李允重新扩建书院之后的学生正式定额为60余人，到了北宋大中祥符年间，周式任岳麓书院山长，将岳麓书院带入了北宋最为繁荣的阶段，很快就发展到学生数百人。到了清代，学生名额分正课、附课两种。乾隆时正课生增至68名，附课生增至35名，计103名。
嘉庆时又增附课生35名，生额总计138名，其后保持不变，有时也额外收些游学之士。因而，岳麓书院的住院生一般都保持在一二百人之间。在生源稳定的情况下，岳麓书院以培养健康的道德人格、务实的治学精神和博学多思的治学方法为教学原则。张栻曾在《岳麓书院记》中强调，岳麓书院的教育宗旨是“传道济民”，也就是说，书院教育的目标就是要使每一个受教育者道德自我日臻完善并促成内在人格的完成，并且道德人格必须完成外在社会价值的实现。
岳麓书院在千年办学过程中，还一直将“务实”、“求实”作为追求的教育理念，主要体现在经世致用的价值取向、实事求是的思想方法、学贵力行的治学风格3个方面。经世致用是岳麓书院一贯倡导的学术宗旨和教育宗旨。书院强调，一切学问必须有益于治国安邦、国计民生，才具有价值与意义。
“务实”不仅是一种价值取向，也是一种尊重事实、追求真理的思想方法。无论是从事学术研究或从事教育，都应该引导人们从天地万物中探索这一真实的“理”或“道”，就是“实事求是”。
在治学中，要重事实、重归纳、重证据。后来发展演变为近代自然科学的实证精神。“学贵力行”的治学风格，就是将知和行看成是一个互相促进、不断深入的过程，即“知行互发”、“知行并进”。
同时，岳麓书院的师长们总是将广泛地获取知识学问，作为书院教育的重要目的。在这个基础上，“思”是从事实和知识中获得深刻全面的道理，也就是要穷究事物所以然的道理，要能提出疑问，以引发学者深入思考，解决问题。岳麓书院作为理学的基地，还提倡敢于怀疑的精神。
在长期的教学实践中，岳麓书院课程内容也相对固定，主要以哲学、史学、文学、文字学为主，也要学习应付科举考试的八股文和试帖诗等。
在明代陈论主教的期间，他潜心传播周敦颐及朱张等理学大师的理学，还设“习射”课程，聘请长沙卫指挥杨溥度为教习。后来，到了清代，书院由民办逐渐演化为官办。
在祭祀方面，清代岳麓书院先后几次增设祭处，达29处之多，受祀者将近百人。后来，建文昌阁于讲堂之后，供奉文昌帝君，凡在院诸生考中功名者，悉得题名其间。又在院前土阜创建了魁星楼，并将原六君子堂改为岳神庙。
随着乾嘉考据学的兴起，岳麓书院往往由从事诂经考史的著名汉学家主持，学习内容也由理学转向经史考证。罗典任山长之后，“唯以治经论文，启诱后进”。道光年间巡抚吴荣光在岳麓书院增设“湘水校经堂”，专以研习汉学为主。后来，校经堂发展为校经书院，进一步发展了校经堂通经致用的务实学风。
清光绪年间，岳麓书院山长王光谦实施课程改革，将教学内容分为“经义”、“治事”两门，以增添算学、译学两门新的课程。1903年3月，新任湖南巡抚赵尔巽将由时务学堂改制的高等学堂迁入，合成湖南高等学堂。学堂办文理二科，课程有经学、史学、国文、舆地、算学、物理化学、博物生理、英文、体操等。
从岳麓书院的教学方式来看，岳麓书院不同于传统的官学的教学方式，摸索出了一套独特的、行之有效的教学方式。岳麓书院强调学生读书自学，重视对学生自修的指导。朱熹曾对学生说：“书要你自己去读，道理要你自己去究索，某只做得个引路的人，做得个证明的人，有疑难处共同商量而已。”为了指导学生自学，朱熹还专门制订了一套读书法。
岳麓书院对外坚持“开门办学”的理念。书院常年接待访问学者，允许外来人员旁听，并安排食宿。在这样的背景下，岳麓书院一直保持很高的教学水准和学术研究水平。
岳麓书院教学不受地域和学派的限制，允许不同书院、不同学派的师生互相讲学，互相听课，互相争论和交流，其中“会讲”就是岳麓书院独创的讲学形式。会讲是岳麓书院的一种学术活动，不同学术观点的学派在或大或小的范围里进行探讨和论辩，学生也可旁听，既推动了学术研究又推动了教学。
岳麓书院既是一个教育机构，又是学术研究基地。书院均不以参加科举考试为目的，而以研究传播学问和道德践行相标榜。书院的创建者，主持人大多是一方有名的学者，他们担任主讲时，一般都是讲自己的学术心得，不少研究成果也是在讲学的过程中完成传播并取得社会承认的。
在教学管理方面看，岳麓书院采取比较自由的教学方法，一般由山长本人或其他教师十天半月讲一次课，其他时间以自学为主，自学中有什么问题随时可向教师咨询，或学生间互相讨论。
岳麓书院有明确的学规。岳麓书院的学规，最早源于朱熹的《书院教条》，到清代乾隆年间，欧阳正焕任书院院长时，提出“整、齐、严、肃”4字学规，具体为:
时常省问父母；朔望恭谒圣贤；气习名矫偏处；举止整齐严肃；服食宜从俭素；外事毫不可干；行坐必依齿序；痛戒讦短毁长；损友必须拒绝；不可闲谈废时；日讲经书三起；日看纲目数页；通晓时务物理；参读古文诗赋；读书必须过笔；会课按时蚤完；夜读仍戒晏起；疑误定要力争。
岳麓书院课程安排清晰有序，每月有几次严格的考核。考试后，对成绩优秀的学生进行奖励，对成绩落后的给予惩罚。此外，学生还必须把自己每日读书的情况记在“功课程簿”上，山长定期亲自抽查。正是基于书院这些完善且行之有效的教育体制，才使三湘大地上人才辈出，历经千年，弦歌不绝。