植物学、生物学、遗传学以及农业生产上的所谓种子，其意义是不同的，它们分别从种子解剖、生理、遗传以及生产应用等各个方面对种子进行了定义。
在芽菜生产中所应用的种子含义较广，包括以下三类：
（1）植物学上的种子。由受精作用和胚发育的产物。例如豆科芽菜中的豌豆、黄豆、红豆、绿豆、蚕豆等种子。十字花科芽菜中的萝卜、黄芥、白菜等种子。这一类种子是我们日常所说的种子的概念。
（2）植物学上的果实。这一类的所谓种子是由胚珠和子房以及花萼部分发育而成。它是植物学上的果实，有的与植物学上的真正种子在外部形态上往往不易区别开来。在生产上由于将这种果实作为播种材料，因此把这种果实也称为种子。例如菊科芽菜中的菊苣、向日葵，蓼科芽菜中的荞麦种子。
（3）营养器官。有些芽菜是来自植物营养贮藏器官，这些器官可以作为繁殖材料。在生物学上也称为种子。这里的种子概念就是广义的种子。为了和日常所说的真种子相区别，我们多称之为播种材料，称这种繁殖方式为无性繁殖。
用于种芽菜生产的种子很多，其种子在形状、颜色、大小上均有不同。
（1）外形。芽苗菜种子外形有球形（豌豆）、椭圆形（大豆）、圆形（黄芥）、纺锤形（小麦）、扁圆形（兵豆）、三棱形（荞麦）、螺旋形（黄花苜蓿的荚果）。
（2）色泽。由于芽苗菜种子含有不同的色素，往往在种皮上呈现各种不同的颜色及斑纹，有的鲜明、有的黯淡、有的富有光泽。可根据不同的色泽来判断不同的品种和品质。
（3）大小。芽苗菜种子大小通常用种子的长、宽、厚来表示，生产中习惯用千粒重表示。千粒重在生产中有着重要的意义：①同一品种千粒重大的表示籽种粒大而饱满，种子质量好；②千粒重大小是生产中单位面积播种量的重要依据之一；③芽菜种子大小决定了生产中基质的选用。