林则徐曾使用传统销毁鸦片“烟土拌桐油焚毁法”，但膏余却会渗入地中，吸毒者掘地取土，仍得十之二三。于是林则徐找出第二种方法“海水浸化法”。
海水浸化法的办法是在海边挑挖两池，池底铺石，为防鸦片渗漏，四周钉板，再挖一水沟。将盐水倒入水沟，流入池中。接着把烟土割成四瓣，倒入盐水，泡浸半日，再投入石灰，石灰遇水便沸，烟土溶解。各名士兵拿木耙不停在池中搅拌，务求烟土完全溶入水中。待退潮时，把池水送出大洋，并用清水洗刷池底，不留涓滴。
当天日记里又说：“以日内消化鸦片，放出大洋，令水族先期暂徙，以避其毒也。”
道光十九年四月廿二（1839年6月3日），虎门销烟正式开始，虎门搭起了一座礼台，前面挂著一面黄绫长幡，上书“钦差大臣奉旨查办广东海口事务大臣节制水陆各营总督部堂林”，广东各高级官员全部出席。由于销烟是公开参观的，加上是端午节前后，因此人们纷纷前往虎门浅滩。另外，不贩鸦片的外商、领事、外国记者、传教士等等，都专程由澳门或其他地方前来参观，当中无一是英国人，以抗议清廷对英国人财产施加压迫。
当中有带同家眷之不贩鸦片的美商C·W·金、传教士裨治文、商船船长弁逊等十人，不信林则徐有办法把所有鸦片完整销毁，于是前来实地考证。林则徐干脆给他们进入池边，让外国观察员直接详看销烟方法，沿途讲解。待观看全部过程、反复考察后，皆心悦诚服，向林则徐脱帽致敬。[26] 事后，传教士裨治文在任职的《中国丛报》中记述：
“我们已经反复检查硝化过程的一部分，他们在整个工作进行时的细心和忠实的程度，远远超过我们的预料，我不能想象再有任何事情会比执行这项任务更加忠实的了。”
此外，《澳门月报》、《季度评论》、《新加坡自由新闻》、《广州纪时报》等外国人报纸皆大编幅连续报道虎门销烟，而且得到与鸦片贸易无关的外国人支持及肯定。英国本土方面也因此事件而物价增涨，尤其是大米、丝绸和银。
澳葡政府亦对查禁鸦片一事相当合作，葡萄牙商人全部承诺不贩鸦片，并欢迎林则徐亲临查办。林则徐于是发表声明，不但葡萄牙商人可以正常贸易，往中国贸易时更会得到保护，绝不被人欺凌。
从道光十九年四月廿二至五月十日（1839年6月20日）当中，共销毁两百三十七万六千二百五十四斤鸦片，其中少数鸦片运送京师作样本，然后销毁。
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