西瓜为单花腋生，花单性，有雄花、雌花，间有少数两性花（图22-9）。性型为雌雄异花同株，少数两性花植株为雄花与两性花同株。
图22-9 西瓜的雄花、雌花和两性花
1.雄花纵切 2.大雄蕊 3.小雄蕊 4.雌花纵切 5.两性花纵切（引自《中国西瓜甜瓜》，2000）
雄花在主蔓上第4～5节叶腋开始着生，当雌花形成后，连续数节与雌花相间着生。雌花在主蔓上的着生节位，依品种不同而异，早熟品种从主蔓第5～7节上发生第一雌花，中、晚熟品种一般于主蔓第7～9节上发生第一雌花；以后每隔3～6节再着生一朵雌花，间有连续发生2朵雌花的。子蔓上的雌花着生节位较主蔓低。
雄花的花萼管状，5裂，裂片窄呈披针形；花瓣5枚，基部合生，辐状，卵圆形，鲜黄色；雌蕊原基5个，其中二对联合，一个单生，呈圆盘状排列，花药呈“S”形折曲。雌花子房下位，呈圆形、卵形或长圆筒形，心皮3个愈合成假3室，侧膜胎座；雌蕊柱头3裂，肾形，子房中心皮和心皮外组织无明显界限，心皮的边缘，首先呈向内、向心弯曲，在腔室之间形成分隔，然后，心皮边缘再呈离心弯曲，每一腔室再被隔开，胚座也是弯曲的，并呈向心延伸。沿着第二次弯曲的心皮边缘之间和胎座与心皮的背部之间具有双表皮层，沿着心皮第一次弯曲的相邻心皮之间，看不出联合的缝线，充满在腔室内的中央组织由胎座发生，成为可食的肉质部分（图22-10）。每一心皮的边缘各着生4～6行纵向排列的倒生胚珠，从子房的基部一直着生到顶部，每行胎座上的胚珠数150个左右。在发育过程中，同一胎座上的胚珠发育常不同步。
图22-10 西瓜子房横切面
1.子房横切面 2.一个心皮的横切面 3.子房的心皮排列（引自《中国西瓜甜瓜》，2000）
西瓜子房的大小和形状与品种及栽培条件有关，长果形品种的子房呈长圆筒形，圆果形品种呈圆形；子房的大小也与植株的营养条件有关，主蔓或侧蔓上初期形成的雌花子房较小，第2～3雌花的子房较大，子房大而充实时其坐果率可相对提高。