违反公司规定扣工资不违法。
用人单位不能对劳动者进行罚款，但用人单位可以通过规章制度等合法手段进行奖勤罚懒，这也是人力资源管理的一种必要手段。但用人单位要慎用此项奖惩制度，并且要注意：
一是规章制度要内容合法、程序合法，比如用人单位制定涉及职工切身利益的规章制度时，要经职工讨论，要公示或者告知职工;
二是内容应具有合理性，明显缺乏合理性的奖惩制度也会影响其合法性;
三是不能违背其他法律法规，比如不能违背最低工资的有关规定，不得实施歧视。
根据《劳动合同法》规定，用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的，应当承担赔偿责任。此外，劳动者还有权解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿金。面对没有法律依据的处罚，劳动者可以依法申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
扩展资料：
《劳动法》明确规定“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”但是，用人单位在特定的情况下也可以扣除劳动者工资。
1、用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
2、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
参考资料来源：百度百科-劳动法
有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（1）用人单位代扣代缴的个人所得税；（2）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（3）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（4）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
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