1898年6月11日，
光绪帝颁布了“明定国是”诏书，变法正式开始。变法期间，光绪帝先后发布上百道变法诏令，除旧布新。
1898年6月16日，
慈禧太后迫使光绪连下三谕，控制了人事任免和京津地区的军政大权，准备发动政变。
变法开始后，
清政府中的守旧派不能容忍变法运动的开展。有人上书慈禧太后，要求杀了
康有为、梁启超；奕劻、李莲英跪请太后“垂帘听政”；御史杨崇伊多次到天津与荣禄密谋；甚至宫廷内外传言将废除光绪，另立皇帝。
1898年7月30日，光绪帝颁密诏给杨锐，嘱维新派妥筹良策，推进变法。密诏中说：“朕位且不能保，何况其它？”光绪帝意识到将有变故，自己处在危险地位，流露出焦急心情，要维新派筹商对策。
1898年9月1日，礼部主事王照疏请光绪帝游历日本等国，以考察各国情况。怀塔布、
许应骙不肯代送。王照弹劾他并到堂亲递，怀塔布不得已允许其代奏。许应骙则上奏弹劾王照“咆哮署堂，借端挟制。”
1898年9月4日，光绪下令将怀塔布、许应骙、堃岫、徐会沣、溥颋、曾广汉等阻碍变法的礼部六堂官革职。王照赏给三品顶戴，以四品京堂候补，用昭激励。怀塔布老婆与慈禧太后有亲戚关系，遂向太后哭诉。
1898年9月5日，光绪召见
谭嗣同，并命谭与刘光第、杨锐、林旭以四品卿衔在军机章京上行走。
1898年9月11日，光绪帝召直隶按察使
袁世凯来京陛见。湖南举人曾廉上书请杀康有为。
1898年9月13日，光绪帝拟开懋勤殿，设顾问官，慈禧太后不允。光绪帝手谕杨锐以变法之难，命康有为等详细筹议。
1898年9月14日，直隶按察使袁世凯抵北京。前
日本首相伊藤博文经天津抵京。
1898年9月16日，光绪在颐和园召见统率
新建陆军的直隶按察使袁世凯，面谈后升任他为侍郎候补。另一方面，直隶总督荣禄以英俄开战，催袁急回天津。毕永年与谭嗣同议软禁太后事。
1898年9月17日，光绪帝再召见袁世凯，命与直隶总督荣禄各办各事。光绪命康有为即离京赴上海督办官报局，传通过杨锐带给康有为密诏。
1898年9月18日，御史杨崇伊上书慈禧，称大同学会蛊惑士心，紊乱朝政，引用东人，深恐贻祸宗社，吁恳皇太后即日训政以遏乱萌。据袁世凯的日记，之后谭嗣同于9月18日去法华寺夜访袁世凯，透露慈禧联同荣禄，要废除光绪；并说皇上希望袁世凯可以起兵勤王，诛杀荣禄及包围慈禧住的颐和园。两日后（9月20日），袁世凯回到天津，将谭嗣同的计划向荣禄报告。也有一种说法是，袁世凯离京前密告给军机大臣礼亲王世铎。
追答1898年9月19日，傍晚慈禧突然离开颐和园，返回大内。光绪帝自是日起迁居瀛台。 康有为访英国传教士李提摩太，请英国公使相助，不成；又访伊藤博文，请游说慈禧太后。当晚黄绍箕劝康有为迅速离京。深夜，梁启超、康广仁等恳求康尽快出走。
1898年9月19日，慈禧回宫。
1898年9月20日，凌晨康有为携仆人李唐离京。光绪皇帝第三次召见袁世凯，之后袁回天津。光绪皇帝接见日本前首相伊藤博文，亲密交谈。太后垂帘旁听，极为不满，当天深夜又接到荣禄密报，说光绪帝欲软禁太后。康有为离开北京。
1898年9月21日，1898年9月21日凌晨，慈禧太后突然从颐和园赶回紫禁城，直入光绪皇帝寝宫，将光绪皇帝囚禁于中南海瀛台；然后发布训政诏书，再次临朝“训政”，“戊戌变法”失败。戊戌政变后，慈禧太后下令捕杀在逃的康有为、梁启超；逮捕谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁、徐致靖、张荫桓等人。
1898年9月24日，刚毅奉太后谕令开始搜捕四军机章京等变法份子。杨锐、林旭当日被捕。刘光第投案自首。杨深秀因诘问慈禧太后为何罢黜光绪帝，在闻喜会馆住处被捕。
1898年9月25日，谭嗣同在浏阳会馆被捕。
1898年9月28日，在北京菜市口将谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭、杨深秀、康广仁六人杀害；徐致靖处以永远监禁；张荫桓被遣戍新疆。所有新政措施，除7月开办的京师大学堂（今北京大学）外，全部都被废止。