作为犹太人，弗洛伊德一直以摩西自居，有趣的是，他曾经告诉荣格：“如我是摩西，你就是约书亚。”弗洛伊德一生都没有停止对摩西的研究，临终之前，他向世界贡献了《摩西与一神教》一书。弗洛伊德用一种新的方法来阐释这座雕塑，为此，他专门写了一篇论文：《米开朗基罗的摩西》（1914年）。
在论文的开头，弗洛伊德为避免主观性的介入，他先与早先的作品评论进行对话。首先是对人物肖像的描述问题，前人对摩西像的描述迥然不同，弗洛伊德赞赏汤德的说法，即雕塑表现了“一种愤慨、痛苦、蔑视掺杂在一起的表情”。其次，对于米开朗基罗的创作动机问题，前人有两种主要观点，一种是“对性格和气质永恒的研究主题”。如汤德认为，“米开朗基罗所创造的不是一个历史人物，而是一个人物类型”，“摩西塑像艺术效果的巨大秘密就在于人物内心的烈火和外在姿态的冷静两者之间的艺术对比”。
另一种是“想把摩西一生中……最有意义的时刻塑造出来”（如贾斯第和纳普）。这种观点认为，这个“最有意义的时刻”，就是摩西从西奈山得到上帝恩赐的《十诫》（法版），正当走下山时，发现他的人民正围着自铸的金犊起舞欢庆时，他怒不可遏，把《十诫》摔在地上的情景。早先的一些艺术评论家认为，米开朗基罗刻画的正是摩西在观看他的没有信仰的人民进行偶像崇拜时的那种“暴风前的平静” ，剑拔弩张，下一瞬间摩西将要采取行动。
由于存在着两种看似合理却对立（如动态与静态）的解释，弗洛伊德认为要得出一个更为客观的结论，就应该深挖那些微小的细节。有两个细节前人没有注意到，即摩西“右手的姿势和两版《十诫》圣书的位置”（弗洛伊德.1998，p522）。通过对雕塑的人物形体和一位艺术家画的《摩西像》的几幅草图进行了深入的分析，弗洛伊德认为，米开朗基罗刻画的摩西刚从西奈山走下，看到那个情景，“他抬起脚准备跳起来，手放开了《十诫》伸向左上方插进了胡子，似乎要把暴怒发泄在自己身上”，这时，摩西考虑到手上的《十诫》开始向下滑动，由于《十诫》是不可以随意放置，更不可以摔碎的，因此摩西“右手缩回，放开胡须，但一部分胡子无意地被拉回，把手及时地靠在《十诫》的上沿，在靠近后面书角的地方挟住了《十诫》，置于最高处。”
这样，弗洛伊德就完成了对前面两种解释的综合，并增加了自己的看法。摩西像并不是一个历史事件的横切面，表现历史的瞬间状态，因为这不符合米开朗基罗的独特的设计；也不是在表现一种人物类型，即内心的烈火和外在冷静姿态的对比。
弗洛伊德分析下的摩西的冲突正是“本我”与“超我”的冲突，“本我”象征着报仇的冲动，它勒令摩西的“自我”采取行动，教训那些没有信仰的人民； “超我”象征着《十诫》，它勒令摩西按兵不动，接受事实。“自我”经历了痛苦挣扎之后，“超我”战胜了“本我”，“本我”所奉行的“快乐原则”最终被“现实原则”所替代；“本我”所蕴含的本能无法得到直接满足，因此通过变向、转移的方式加以替代，从而避免挫折，这就是升华。艺术品是艺术家本能升华的产物，而升华所孕育出的艺术品尽管看似平静，但高超的艺术品总有怪异的地方，这其实是作者内心的冲突的凝聚，因此通过精神分析的方法，弗洛伊德试图再现作者升华的过程，而把作者的内心冲突还原出来，这就不是传统意义上的美，可以说是一种丑了，它具有现代性的特点。
弗洛伊德对米开朗基罗的摩西的阐释也遭受很多的非议，比如艺术史家H.W.扬森在《米开朗基罗的摩西的右臂》（1968年）中就认为米开朗基罗的雕塑“是受北方哥特式纪念牌创作的影响”的，与弗洛伊德“所推测的那些微妙的意图”无关。
