疱疹性口炎的鉴别诊断主要包括几种口腔疾病：
首先，口炎型口疮表现为分散的单个小溃疡，病程反复，不经历发疱阶段。这些溃疡主要发生在口腔内角化较差的部位，不引起牙龈炎症，儿童发病较少，且不会波及皮肤。
其次，三叉神经带状疱疹是由水痘-带状疱疹病毒引发的，其特征是水疱沿三叉神经分布成带状，不会超过中线。患者会感到剧烈疼痛，治愈后通常不会再次复发。
手足口病则由柯萨奇A16病毒引起，症状包括口腔黏膜、手掌和足底出现不等数量的水疱和丘疹，口腔内的水疱容易破裂，形成溃疡。
多形性红斑是一种急性炎症性皮肤黏膜疾病，常涉及皮肤和口腔。其典型特征是靶形或虹膜状红斑，口腔黏膜会出现充血水肿，可能伴有红斑和水疱，破裂后形成糜烂面，表面有大量渗出物形成厚的假膜。
疱疹性口炎是一种由单纯疱疹病毒所致的口腔黏膜感染性疾病，临床上以出现簇集性小水疱为特征，有自限性，易复发。