GPS测量结果中高程（差）的精度较低对工矿区应用是一个大问题，因为在地表沉陷、变形监测中高程分量是很重要的。测量实践和理论研究表明，GPS高程测量的精度主要取决于由GPS大地高转换为正常高的精度，其中的关键是高程异常值的精度。在利用已知高程的GPS点拟合其他GPS点的高程异常时，已知高程的点数及分布状况直接影响到拟合高程异常的精度。当测区面积较大时宜采用曲面拟合法或多面函数拟合法，以确定局部地区似大地水准面的起伏；当测区范围较小、且已知点不多时，采用平面拟合也能达到一般精度要求。
当测区面积较大，地形起伏变化又大时，进行GPS高程测量最好能有足够数量的水准测量高程点和重力测量数据。此时，可用整体平差模型将已知数据进行联合平差，最后求得GPS测量点的平面坐标及高程的最优值。采用此法求取正常高的精度取决于已知点的分布状况、已知数据本身的精度以及平差模型的优化程度等。