银杏苗圃宜选择于交通方便、排水良好、土质疏松的中性或微酸性壤土地段，以具有灌溉条件的熟化耕地和苗圃地最为适宜。
培育银杏苗的圃地，土壤质地最要紧。以壤土或砂壤土为最好。土质粘重，排水不良，会大幅度降低出苗率。我们用同一批种子播种育苗，在排水良好的条件下，出苗率为71.2%，排水不良时，出苗率不到20.0%。不仅出苗率低，出土日期也推迟半个来月。种子发芽出土后，由于苗木根系生长受阻，长势也弱，还会加快茎腐病的蔓延，大幅度降低成苗率，很少能长成壮苗。这是一些农民利用水稻田育银杏苗效果不好的根源。
也有人选用砂石地培育银杏苗，结果也不甚理想。在砂石地育苗，土壤肥力过低，保水保肥的能力也差，即使施足了基肥，养分也极易流失。而银杏苗特别喜肥。肥力不足，也会影响苗木的正常生长。加上砂石地的地面温度变化剧烈，暑夏期间，太阳直射地面时，局部温度可以超过55℃。幼嫩的苗茎也极易受到日灼危害，而日灼伤口又能为病菌的侵入提供方便。这也会大幅度降低成苗率。
银杏对土壤水分的要求很高，既不能缺水，又不能积水。育苗阶段的反应尤其明显。地面积水，或者地下水位过高，苗木根系生长不良，叶色变黄甚至提早脱落；土壤水分不足，又会旱死。所以，作为银杏的育苗地，既不能积水，又要便于灌溉。一些产区在排水良好的银杏圃地，安装了喷灌设备，在保证水分供应的同时，又解决了高温期间过度光照的抑制作用，可以使银杏育苗取得最好的效果。
用于银杏育苗的圃地，能否连续多次用于培育银杏苗？从目前掌握的情况看，一般可以继续使用。但是，如果育苗中已经出现了严重的病虫危害，特别已经受茎腐病危害造成了严重损失，下次育苗最好更换圃地。
用作银杏苗圃的土地，最好不要种过马铃薯、茄子等茄科植物。因为危害这些植物的某些病原菌也可能使银杏苗木感病。
有些植物，如核桃、山核桃、薄壳山核桃等，根系分泌物对别的植物具有抑制作用。这些抑制作用，在银杏育苗时也会有所反应。1995年，我们在银杏播种育苗时发现，在原来培育了二、三年薄壳山核桃的苗床上，出苗率比同一圃地的其他苗床低20.0%左右，而且出苗较迟，长势也差。7月8日停雨后开始出现连续高温干旱天气，最高气温维持在35—36.℃。在育过薄壳山核桃苗的苗床上，银杏苗在进入高温天气的第二天就见到了叶子黄化，一周后叶子几乎全部枯死，而同一圃地内，由同一批种子育苗的其他苗床上，一周后银杏苗生长仍属正常。由此可见，培育了薄壳山核桃的圃地，一般不要马上用于培育银杏苗。
南方多雨地区，有人在山地培育银杏苗，效果也很好。山地土质疏松，排水良好，光照适度，只要选择土壤肥力稍高的地点，施足基肥，加强管理，就能育出健壮的银杏苗。1987年，我们在江西分宜的山地育苗，二年生苗平均高达80厘米，干基茎粗大于1.5厘米，根系也特别发达。其苗木的各项指标都大大超过我们在浙江富阳圃地里培育的同龄银杏苗。