在国家重点监督区中，主要补偿流是破坏者对监督区的补偿，补偿目的是恢复或者改善原地表地貌，根据“谁破坏，谁治理”的原则，下面提出了具体的补偿途径和方式。
一、破坏者
这类补偿主要采用对造成水土流失的行为主体征收费用形式。各类开发建设项目和资源开发利用者，根据其对自然资源的开采和造成水土流失的程度征收水土流失补偿费，内化其外部成本，抑制其破坏程度，降低生产建设活动对自然资源的过度干扰和破坏。同时把征收来的资金用于水土保持和水土流失综合防治以及区域内生态建设，实现水土资源的可持续利用和生态环境的可持续维护。
世界上许多国家早在20世纪50年代就己经相继开展征收水土保持生态补偿费和其他环境补偿费，并在法律上予以保障。我国29省（市、区）从20世纪90年代开始相继开征了水土保持生态补偿费（有些地方叫水土流失补偿费）。水土保持生态补偿费是指水土保持行政主管部门对开发利用自然资源的生产者和消费者，因生产建设活动扰动和破坏地貌植被，而使原有水土保持功能降低或者丧失直接征收的，用于保护、恢复开发利用过程中造成的自然生态环境破坏的费用。征收水土保持生态补偿费，其实质是要求从事资源开发利用活动而使地表水土保持功能降低的生产者和消费者为其行为后果承担责任。它既不同于环境保护部门征收的排污费，也有别于其他资源管理部门征收的各种资源费（税）。
在资源富集地区如煤矿区、有色金属矿区等，当地的主导产业大多为矿产资源开发，并成为该地区的主要经济来源，但在长期开采矿产资源的同时，也带来了一系列的资源、环境问题，如大量疏干水的抽排导致地下水位下降、土壤干化、植被枯萎、土地沙化和退化，采矿区出现地面塌陷、裂缝危及群众生产、生活，大量弃土、弃渣尾矿占压土地、污染地表和地下水，地表植被遭破坏、泥沙淤积河道水库、风蚀恶化环境等，但由于没有开发建设项目占用水土资源和降低水土保持功能的补偿机制，一些企业不计生态环境破坏和修复的成本，造成只利用不保护、只开发不治理、只得益不补偿的情况。特别是在资源开发市场开放后，开采企业和个人大量增加，掠夺开发现象更加严重，出现了大量的“资源开发了，企业受益了，环境破坏了，群众受害了”的现象。
为了使矿产开发与生态保护协调，实现企业和地方的可持续发展，经国务院同意，1988年国家计划委员会、水利部制定了《开发建设晋陕蒙接壤地区水土保持规定》，陕西、山西、内蒙古3省区从煤炭销售收入中按O.5～1元/t收取水土保持生态补偿费，用于矿区水土流失治理和生态环境恢复，收到了良好效果。神华集团从吨煤生产成本中提取0.45元用于水土保持，截至2006年，已累计投入1.1亿元，开展矿区水土保持，先后完成了马家塔露天矿复垦区建设、“两山一湾”常绿林建设、巴图塔沙柳林基地建设等6个重点系统工程建设，共治理水土流失面积134km2，植被覆盖率由开发初期的3%～11%提高到现在的48%～63%。另外，重庆等地也都开展了矿产开发水土保持生态补偿实践，积累了大量经验，取得了成效。
对矿产资源项目按单位产品征收或按销售收入提取一定比例的资金用于水土保持，已有法律、法规和政策的支持，也经过了10多年实践的检验，应在矿产资源开发区域进一步推广，特别是在煤炭、有色金属矿等矿产开发行业要首先推广。以2005年全国生产原煤21亿t计算，如果按吨煤1元标准提取，全国1年即可筹集矿区水土保持资金21亿元；2000年全国10种有色金属产量1635万t，实现销售收入8784亿元，按销售收入的1%提取水土保持生态补偿资金，可筹集87.8亿元；2005年全国生产天然原油1.8084亿t，石油及天然气开采业实现利润2927.42亿元，按利润的1%提取水土保持生态补偿资金，年可筹集29.3亿元；2005年全国黄金产量达到224.05t，实现利润40.36亿元，按1%提取可筹集补偿资金4036万元。从主要矿产资源的分析看，通过建立补偿机制，可大大增加防治水土流失的资金，恢复矿区生态环境。
水土保持生态补偿费按照“从哪儿来到哪儿去”的原则使用，主要用于资源开发地区的水土保持和生态恢复。
二、生态受益区政府
从受益区财政收入中提取一定比例，补偿监督区上游用于水土流失防治和生态建设。如京津唐地区，位于密云和官厅水库上游的张家口市、承德市的水土流失及生态环境状况直接影响着北京的供水安全。河北省在生态屏障和环境方面对首都北京具有特别重要的意义，尤其在水资源方面，具有独占性，担负着为京津保水源、阻沙源的重任。荒漠沙丘已经从张家口北部扩展到距北京市中心约70km的怀来县，近几年因降雨不多，密云和官厅水库每年的来水量也大大减少。为京津提供水源的河北省张家口地区的14个县中，有10个属于国家级贫困县，有85万农民至今没有脱贫，为了尽快摆脱贫困，当地往往会引进一些消耗资源、产生环境影响的工业项目，出现过度开垦开发和草原过度放牧等。这些生产、生活方式，都势必会对水资源、生态环境造成不利影响。根据首都水资源保护项目规划，上游的河北、山西、内蒙古需要进行产业调整，关停破坏环境、有重大污染的企业，控制和限制依赖土地的生产项目，保护自然植被。这就在一定程度上限制和制约了当地的经济发展，为了国家和区域的大局，上游做出了牺牲，下游的京津唐地区则对其损失给予合理的经济补偿，按造成的经济损失或提供的资源、环境价值，给予补偿。受益地区也要按受益大小，分摊补偿费用。通过上游对下游的经济补偿，支持上游发展既适合于当地、又不对下游造成危害的产业，实施水土保持、涵养水源、灌区节水改造，不断改善上游水质，增加水量，为下游提供优质水源，实现上下游的协调发展。