轨道一号线北起平东，南至市开发区江海停车场，途经唐闸、环西文化广场、南通大学、苏通科技产业园等地，预计总长63.8公里。
轨道二号线，西起幸福，东至金沙，横穿市区，经过南通火车站、青年路、汽车东站，总长36.7公里。
轨道三号线，东起天生港，西至锡通园区，全长41.1公里。
轨道四号线为南北走向，从金沙南到市开发区江山路，全场约38.4公里。
在四条轨道沿线，将分别设置青年路站枢纽、南通东站枢纽、苏通产业园站枢纽、锡通产业园站枢纽，南通大学站枢纽等11处换乘枢纽。
2号线路全长20.4公里，共设16座车站，其中地下线19.1公里，地面及高架线路1.3公里；1座车辆段，1座主变电所(与1、3号线合建)及相配套的车辆和机电设备。控制中心与1、3、4号线合建。轨道2号线一期起于幸福镇站，向南连接南通火车站，出站后沿北大街南行，过江海大道线路向西折向濠西路，沿濠西路向南接入环西文化广场站，线路沿濠河继续南行至体育公园并设站，线路折向东沿青年路至先锋镇，设先锋镇站为一期工程终点。2号线一期南通东站站－先锋镇区段采用高架形式，其余均为地下线。工程在港闸区幸福镇通刘公路以东，城北大道以北，沪陕高速以南设定修段—幸福车辆段。