细菌和真菌的根本区别在于细胞核的存在与否。
详细解释如下：
首先，我们知道细菌是一种单细胞生物，属于原核生物界。它们没有典型的细胞核膜和复杂的细胞结构。与之相对的是，真菌则是属于真核生物界的一种微生物，它们的细胞具有完整的细胞核膜和各种细胞器。简单来说，通过比较两者，我们可以看出真菌在结构和进化上都更加复杂和先进。真菌和动物界的进化方向比较类似，这是因为真菌作为最古老的孢子繁殖类型生物之一，它们和动物界的细胞在进化过程中拥有共同的祖先。而细菌则属于更为原始的生物类型。因此，从生物学分类的角度来看，真菌和细菌之间存在着显著的差异。细菌是原核生物的一种代表，而真菌则是真核生物中的一种特殊存在形式。这一区别也体现了生物多样性的演化进程。简单来说，核心差异就在于两者的细胞核存在与否，这也直接影响了它们在生物体系中的复杂性和地位。这也是二者区别最直接的表现和最重要的科学依据。