康熙五十七年，皇族秋狝期间，木兰围场遭遇暴客刺杀，哈达亲王不幸丧命，此事令康熙震怒。他派遣四皇子雍亲王胤禛，以傅示真之名南下追查。在石门，胤禛邂逅江南名儒之女吕丝丝，两人联手破获桐山贼案，护航振远镖局，经历生死考验，感情渐生，彼此了解加深。
原左翼长刘勇因案受牵连，其子李卫和李才改从母姓。卫投奔皇十四子大将军王，屡立战功；才则进入东海书院研习，其父吕留良是汉学倡导者，拒绝为清廷效力，与反清组织江南八侠有联系，引起朝廷猜忌。胤禛计划利用康熙南巡的机会诱捕敌人，但意外发现江南八侠之一的虞慧儿，竟然是多年前失踪的十七格格，康熙欣喜万分，封她为佛抱格格。
为确保佛抱格格安全，胤禛请吕丝丝陪伴。丝丝离别父亲，随格格入宫，最终雍正在隆科多的支持下登基，成为雍正帝。为了疏远胤禛，吕家将丝丝许配给李才。然而，吕父去世后，丝丝悲痛，而雍正的严苛统治使两人渐行渐远。李才在丝丝鼓励下考取功名，成为状元，深得雍正信任。李卫被雍正收买，参与了对允禵和年羹尧的监视，最终东海书院被抄，吕家遭难。
在经历重重变故后，丝丝悲愤不已，决心刺杀雍正。尽管未能成功，她被赋予协助改革的重任。胤禛在期限临近时，面对死亡毫不畏惧。丝丝不忍，延长了他的生命。李才被贬后，游历山水，著书立说，最终在狱中与丝丝结合，生子图报。雍正十三年八月，胤禛被处决，丝丝悲痛难抑，故事留下谜团。乾隆即位，众人在黄山寻找似曾相识的仙侣，却未果，只留下吴水楚山的深远和神物重逢的期待。