秦之中央最高统治者是皇帝，皇帝以下，中央最重要的官职是「三公」，即丞相、太尉、御史大夫，合称「三公」。
【丞相】： 战国时秦国原有相、相国，统一全国后，称作丞相，李斯为第一位丞相，乃百官之首。「金印紫绶，掌丞天子，助理万机。」
【太尉】： 原称尉、国尉，统一全国后称太尉，「金印紫绶」掌武事，「主五兵」乃武官之长。
【御史大夫】： 秦国原有御史，后置御史大夫「以贰于相」。御史大夫掌监察，「银印青绶，掌副丞相」，其位略次于丞相。
在「三公」之下，有所谓「九卿」，而实际之数并不止九个，大部分为秦原有，少数是统一后新设的：
【奉常】： 掌宗庙礼仪，有丞。
【郎中令】： 负责皇帝的保卫和传达，下属有大夫、郎中、谒者。
【卫尉】： 掌皇宫的警卫部队，有丞。
【太仆】： 掌皇室东马。
【廷尉】： 掌刑罚，全国最高司法官，有正、左、右监。
【典客】： 主管秦王朝统治下的少数民族。
【宗正】： 掌宗室亲属事务，有两丞。
【治粟内史】： 掌谷货，有两丞。
【少府】： 负责供应皇室用之山海池泽之税，有六丞。
【中尉】： 负责京师保卫，有两丞。
【主爵中尉】： 掌列侯。
秦始皇统治时期，中央集权的重要特点是军政大权独揽于皇帝一人手中。为使大权不致旁落，使丞相、太尉、御史大夫分掌政、军和监察大权，互不统属。如丞相总领朝廷集议和上奏，协助皇帝处理日常事务，并收阅各地的「上计」。
但统兵之权却属于太尉，而且御史大夫也有权复查大臣的上奏和地方的「上计」。太尉虽名为最高军事长官，但实际只有带兵权，而无调兵权。由于三公互不统属，所以最后决断只能归皇帝一人。