魏晋南北朝时期，由于社会动荡，两汉时期被独尊的经学受到了来自玄学、佛教、道教的挑战，竹林七贤的领袖嵇康即提出了“越名教（即司马昭标榜的“以孝治天下”的儒学）而任自然（老庄道家思想）”的口号，西晋时期官僚地主热衷清谈，即谈《老子》、《庄子》的“义理”而看淡儒术；永嘉之乱后，西晋灭亡，北方被少数族占领，儒学更是受到了不小的冲击；而东晋所在的南方则仍是玄学兴盛，儒教不兴，这从《世说新语》中大量记载的这一时期的“名士”中可以得到确切的答案。随着天竺佛教的流行，曹魏明帝时期终于允许汉族人出家（第一个汉族僧人是朱士行），十六国时诸如佛图澄、鸠摩罗什等一批西域僧人的译经工作，使得佛教在中原和南方兴盛起来，南朝的皇帝几乎都是佛教徒或对佛教优礼有加，梁武帝更是痴迷佛教，几次舍身同泰寺；而北朝虽然经过“二武灭佛”，即北魏太武帝因为信仰道教而灭佛和北周武帝为了和寺院地主争夺户口而灭佛，但是其他时期佛教都非常兴盛，据《隋书》统计，北朝三千万政府控制的户口中，就有三百万出家，足见当时佛教的兴盛。另外这一时期的选官制度上，实行的是九品中正制，即把人分为九个等级，按照其祖上的地位，对其进行选拔，结果被选为官吏的，绝大多数是世家大族的子弟，他们即便一字不识也可以出入庙堂、入选高官；而寒门子弟，即使身怀绝技，也不能做官，所以学术的废弛就可想而知了。所以总结起来说，魏晋南北朝时期虽然表面上仍以儒学为正统思想，皇帝还不时对孔子进行祭祀（比如宋文帝下令修缮青州地区的孔庙，北魏孝文帝祭祀孔子），但是其时儒学的正统地位受到了不小的挑战，在意识形态领域内，有玄学、佛教、道教的挑战；在政治上，少数族出身的皇帝普遍缺乏儒学修养，他们倒更喜欢西域传来的佛教，腐朽的南方世家大族更喜欢求仙的玄学和道教，所以当时的儒家思想绝对不是两汉时期的“罢黜百家”的地位了。
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